发表于2024-12-25
本书深入浅出地介绍分子生物学常用技术及其在中医药研究中的运用,着重解决中医药研发中能否用、为何用、如何用的问题。突出实用、先进和中医特色三个方面。
本教材从实用性和新颖性角度出发,介绍了若干目前国内外应用较多的先进技术,以及一些常用的分子生物学技术及其在中医药研究中的应用。主要包括绪论、分子生物学常用基本技术、DNA的研究方法、RNA的研究方法、蛋白质的研究方法、基因功能与表达调控的研究方法、分子生物学技术中常用的细胞生物学技术、分子生物学技术常用网络资源及利用8部分内容。
方肇勤,上海中医药大学教授,博导。任中华中医药学会基础理论分会全国副主任委员、上海中医药学会中医基础学分会主任委员;国家教学团队“中医基础教学团队”带头人、国家中医药管理局“中医基础重点学科”带头人、国家中医药管理局“细胞与分子生物学实验室”主任、任实验中医学教研室主任。全国模范教师、上海市教学名师、上海市优秀教育工作者,1994起享受国务院特殊津贴。
长期从事中医实验教学,将科研成果转化为教学,所负责的“实验中医学”先后评为国家精品课程和上海市精品课程,所负责的课程建设先后荣获国家教学成果二等奖和上海市教学成果一等奖。主编有《实验中医学》、《分子生物学技术在中医药研究中的应用》、《中医药研究常用分子生物学技术》全国统编教材,指导研究生50余人。
所主持的国家到地方的各级科研项目十数项;所主持科研成果先后荣获国家科技进步二等奖、国家中医药管理局科技进步一等奖、中国实验动物科学技术奖三等奖、中国中西医结合学会科技进步三等奖、中华中医药学会科技进步三等奖等国家及部级科技奖励。主编《中医辨证论治学》、《大鼠/小鼠辨证论治实验方法学》等专著;发表学术论文270余篇。
第一章绪论001
第一节分子生物学技术在中医药防治肝癌作用机制探索中的应用001
第二节分子生物学技术在中医药研究中的应用现状007
第三节中医药研究中常用的分子生物学技术013
第四节分子生物学技术在中医药研发中的应用前景020
第二章分子生物学常用基本技术026
实验1重组质粒026
实验2质粒转化大肠杆菌030
实验3阳性单菌落扩增与小量DNA制备034
实验4酶切重组质粒和电泳分离所插入的DNA037
实验5从凝胶中回收DNA040
实验6大量质粒DNA制备041
第三章DNA的研究方法045
实验7哺乳类动物组织基因组DNA的提取045
实验8基因组文库的建立与目的基因筛选048
实验9Southern blot058
实验10PCR064
实验11DNA双脱氧链终止法测序070
第四章RNA的研究方法077
实验12哺乳类动物组织总RNA的提取079
实验13mRNA的分离081
实验14Northern blot084
实验15RTqPCR090
实验16多基因表达的检测096
实验17cDNA库建立112
实验18基因全序列cDNA库筛选123
第五章蛋白质的研究方法132
实验19哺乳类动物组织蛋白质的提取132
实验20Western blot136
实验21ELISA149
实验22免疫组织化学154
实验23蛋白质双向电泳160
实验24蛋白芯片178
第六章基因功能与表达调控的研究方法182
实验25RNAi183
实验26报告基因与基因调控元件的检测189
实验27体外定点诱变技术192
实验28CRISPRCas9基因编辑技术195
实验29基因过表达204
实验30免疫共沉淀211
第七章分子生物学实验常用的细胞生物学技术216
实验31哺乳类动物细胞的培养216
实验32细胞增殖检测224
实验33流式细胞术226
实验34体外细胞划痕实验234
实验35细胞迁移和侵袭实验236
实验36TUNEL法检测细胞凋亡239
第八章分子生物学常用网络资源及利用243
第一节美国国家生物技术信息中心(NCBI)243
第二节GenBank数据库查询与搜索248
第三节BLAST255
第四节EST的电子延伸265
第五节cDNA序列的蛋白阅读框架分析、染色体定位及其在机体各组织中的表达
预测271
第六节PCR引物或序列寡核苷酸探针的在线设计278
第七节蛋白质分析280
附录287
1分子生物学实验常用仪器设备287
2常用生物学数据288
3常用载体292
4分子克隆常用酶293
5常用储存液的配制297
6常用液体培养基299
7常用缓冲液300
8常用酸碱溶液的浓度与分子量300
9不同浓度酸碱液的pH301
10核酸的纯化(用酚氯仿抽提)301
11核酸浓缩302
12分光光度法测定DNA及RNA含量303
13Sephadex 的水化303
14放射性度量单位和数据303
15科学单位303
16离心速度和离心力换算304
17常用分子生物学术语对照304
分子生物学实验技术的发展日新月异,中医药的研发中已愈来愈广泛地采用了分子生物学技术。然而,与国内外西医界相比,分子生物学技术在中医药研发中的应用还存在很大的差距,突出表现为知识普及不够、研发投入不足和技术使用不当,而该技术在中医药研发中能否用、为何用、如何用的问题还没有得到根本的解决。
早在1996年,我们就编写了《分子生物学常用技术与方法》讲义,为上海中医药大学中医基础专业本科生和中医专业博士、硕士研究生开课,受到了广大中医药学子的热烈欢迎。开课以来学生反响热烈,尤其是研究生,修课积极踊跃,人数一再超出课程所规定的学生名额,充分表明分子生物学技术在新一代中医学者中所引起的重视。在此基础上,2002年,我们编写并正式出版了《分子生物学技术在中医药研究中的应用》,该书依据我们多年在国内外运用先进分子生物学技术的经验,从中医药研究实际出发,深入浅出地介绍了该领域常用技术及其在中医药研发中的运用,着重解决中医药研发为何用、如何用的问题,并在书中增加了实验技术的内容。该教材编写突出了3个方面: ① 实用。书中所介绍的实验技术均为作者使用过的技术,并参考了一些国内公开发表的研究报告、有关公司试剂盒说明书,以及《分子克隆实验指南》等权威专著,言之有据,同时详细介绍实验的准备和实施,使读者可以方便地择用。② 先进。该书介绍了当时最新发展的一些实验技术。③ 突出中医特色。介绍了各分子生物学常用技术与方法在中医学中的应用。教材出版以来,成为中医界一些实验研究人员手边的工具书和教学参考书。同时该课程作为实验中医学系列课程之一,还获得了“国家精品课程”的荣誉。2008年该教材作为普通高等教育“十一五”国家级规划教材出版,进一步丰富了实验内容。最近,上海中医药大学教学团队拍摄和编辑了系列实验技术视频,目前这些视频已在课堂普遍使用,并上传至“国家精品
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课”(网址: http: //www.icourses.cn/coursestatic/course_2855.html),希望有助于读者了解和掌握这些技术。
为了适应近年来分子生物学技术发展和应用的特点和需求,我们对原教材进行了调整与充实。内容主要包括8个部分:
(1) 绪论。重点介绍分子生物学技术在中医药研发中应用的现状,深入浅出地介绍为何用和如何用,以及本书各章节的内容与关系。
(2) 分子生物学常用基本技术。介绍重组质粒、质粒转化大肠杆菌、阳性单菌落扩增与小量DNA制备、酶切重组质粒和电泳分离所插入的DNA、从凝胶中回收DNA、大量质粒DNA制备等。
(3) DNA的研究方法。介绍哺乳类动物组织基因组DNA的提取、基因组文库的建立与目的基因筛选、Southern blot、PCR、DNA双脱氧链终止法测序等。
(4) RNA的研究方法。介绍哺乳类动物组织总RNA的提取、mRNA的分离、Northern blot、RTqPCR、多基因表达的检测、cDNA库建立、基因全序列cDNA库筛选等。
(5) 蛋白质的研究方法。介绍哺乳类动物组织蛋白质的提取、Western blot、ELISA、免疫组织化学、蛋白质双向电泳、蛋白芯片等。
(6) 基因功能与表达调控的研究方法。介绍RNAi、报告基因与基因调控元件的检测、体外定点诱变技术、CRISPRCas9基因编辑技术、基因过表达、免疫共沉淀等。
(7) 分子生物学实验常用的细胞生物学技术。介绍哺乳类动物细胞的培养、细胞增殖检测、流式细胞术、体外细胞划痕实验、细胞迁移和侵袭实验、TUNEL法检测细胞凋亡等。
(8) 分子生物学常用网络资源及利用。介绍美国国家生物技术信息中心(NCBI)、GenBank数据库查询与搜索、BLAST分析、EST的电子延伸、cDNA序列的蛋白阅读框架分析(ORF)、染色体定位及其在机体各组织中的表达预测、PCR引物或序列寡核苷酸探针的在线设计、蛋白质分析。
此外,在书末附录中还介绍了分子生物学实验常用仪器设备、常用生物学数据、常用载体、分子克隆常用酶、常用储存液的配制、常用液体培养基、常用缓冲液、常用酸碱溶液的浓度与分子量、不同浓度酸碱液的pH、核酸的纯化(用酚氯仿抽提)、核酸浓缩、分光光度法测定DNA及RNA含量、Sephadex 的水化、放射性度量单位和数据、科学单位、离心速度和离心力换算、英汉对照等。
本版教材具体内容的调整包括:
鉴于一些分子生物学技术开始应用于中医药研究,为此新增了蛋白芯片(实验24)、基因过表达(实验29)、免疫共沉淀(实验30);而一些细胞生物学技术业已成为分子生物学技术的常用实验方法,如细胞增殖检测(实验32)、流式细胞术(实验33)、体外细胞划痕实验(实验34)、细胞迁移和侵袭实验(实验35)、TUNEL法检测细胞凋亡(实验36),本教材一并予以介绍。
鉴于原位杂交、Footprint、凝胶阻滞分析等较少使用,而cDNA Array和DDPCR已被基因芯片所取代,因而本教材不再介绍这些实验技术。在本教材“第四章RNA的研究方法”引言中介绍了非编码RNA,其中涉及small RNA,而有关实验及目的已编入相关章节中,因而不再专门介绍“small RNA的提取与分析”。考虑到本教材的主要读者是中医学专业的本科生和研究生,因此,不再列入一些与中药材相关的实验,如植物细胞悬浮培养技术、植物基因组DNA的提取、动植物药材的ISSR指纹图谱技术、中药RAPD指纹图谱技术、植物组织蛋白质的提取、植物细胞的基因转化。
此外,“实验15RTqPCR”替换了第二版的“RTPCR”与“ABI荧光实时定量PCR”,“实验16多基因表达的检测”重点介绍基因芯片,在“实验18基因全序列cDNA库筛选”一并介绍了RACEPCR,“实验21ELISA”简介了抗体制备(因而不再专门介绍“单克隆抗体制备”),
“实验27体外定点诱变技术”仅介绍了相关原理。
本教材的使用对象包括各类中医药学科临床和研究工作者、研究生、本科生,以及非中医药学科从事中医药研究的工作者、研究生。
分子生物学技术的发展十分迅速,迄今已积累了大量的不同方法和技术,单就某一技术,往往还分化出许多不同的方法和技术,而且还在不断发展和分化,产生了大量的专著、论文、有关企业和公司的产品目录,以及丰富的网络资源,中间包含了大量的先进分子生物学方法、技术和理论。面对如此庞大的信息,本书是难以概括全面的。因此,我们删繁就简,择其精要,希望对读者有所帮助。挂一漏万,以及叙述不妥的地方在所难免,我们殷切地期待同道的批评与指正。
方肇勤
2017年12月于上海
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