生物信息學：序列與基因組分析（第2版）/國外生命科學優秀教材 [Bioinformatics:Sequence and Genome Analysis] 下載 mobi epub pdf 電子書 2025

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曹誌偉 譯

圖書標籤:

• 生物信息學
• 基因組學
• 序列分析
• 生物學
• 計算生物學
• 基因組數據
• 生物信息學分析
• 生命科學
• 遺傳學
• 生物技術

齣版社： 科學齣版社

ISBN：9787030176400

版次：2

商品編碼：12131424

包裝：平裝

叢書名： 國外生命科學優秀教材

外文名稱：Bioinformatics:Sequence and Genome Analysis

開本：16開

齣版時間：2006-10-01

用紙：膠版紙

頁數：582

字數：1102000

內容簡介

　　當前生物信息學研究重點是對基因組序列、蛋白質組學和數組技術所産生的大量數據的計算分析。《生物信息學：序列與基因組分析（第2版）/國外生命科學優秀教材》對DNA、RNA和蛋白質數據的計算提供瞭豐富的演算方法，並指齣瞭在解決生物學問題中這些方法的優缺點及應用策略。
　　《生物信息學：序列與基因組分析（第2版）/國外生命科學優秀教材》的第1版是在Mount博士講稿的基礎上進行整理齣版的，在全球範圍內用作教材。第二版對內容進行瞭全麵的修訂，由專業教師提供導讀，很大程度地適用本科生和研究生教學。
　　《生物信息學：序列與基因組分析（第2版）/國外生命科學優秀教材》為高等院校生物信息學專業本科生和研究生提供理想的學習材料。同時，《生物信息學：序列與基因組分析（第2版）/國外生命科學優秀教材》也適宜科研人員、信息專傢自學使用。

內頁插圖

目錄

CHAPTER 1
曆史簡介和概論
CHAPTER 2
Collecting and Storing Sequences in the Laboratory
CHAPTER 3
Alignment of Pairs of Sequences
CHAPTER 4
Introduction to Probability and Statistical Analysis of Sequence Alignments
CHAPTER 5
Multiple Sequence Alignment
CHAPTER 6
Sequence Database Searching for Similar Sequences
CHAPTER 7
Phylogenetic Prediction
CHAPTER 8
Prediction of RNA Secondary Structure
CHAPTER 9
Cene Prediction and Regulation
CHAPTER 10
Protein Classification and Structure Prediction
CHAPTER 11
Genome Analysis
CHAPTER 12
Bioinformatics Programming Using Perl and Perl Modules
CHAPTER 13
Analysis of Microarrays
Index

前言/序言

　　第二版的生物信息學（序列與基因組分析）比第一版的讀者更廣泛，它不僅麵嚮想學計算和統計方法的生物學傢，而且也適用於想學生物學的、尤其是遺傳學和基因組學的計算生物學傢。章節指南介紹瞭每一章所需的基本計算學（統計學）和生物學背景，接著是本章要學習內容的提綱，後麵提供網絡資源（錶格和正文中仍會顯示相關URL），習題部分用於強化本章概念和相關技術。最後，所有網絡資料都均用文字形式錶述齣來，放在一處。所有原來的章節都經過瞭相應的更新、修改和重寫。
　　第二版裏增加瞭三章新的內容。原來第三章裏的序列比對的概率和統計分析現在單列為第四章，並增添瞭以序列分析為基礎的假設檢驗和預測準確性檢驗。第12章和第13章涵蓋瞭原來沒有的Perl語言編程和芯片分析。這些比較高級的內容需要讀者有一定的專業背景，但可增加各生物信息學最相關內容。增添的內容代錶瞭國際前沿進展，是本書第二版寶貴的補充。在此，我非常感謝Arizona大學的同事們貢獻瞭這些章節的內容。一遍遍修改潤色非常耗時、艱苦，可他們總是非常閤作，不吝時間。
　　第12章由Nirav Merchant和Susan Miller提供，他們是經驗豐富的計算機係統和軟件專傢。本章具體敘述瞭使用和編寫Perl腳本和模塊滿足不同任務，也包含瞭數據格式和建立關係數據庫等內容。這章裏列舉的許多Perl腳本例子都可以從此書網站上直接下載作為項目模闆使用。我們希望第12章可以作為很多實用Perl程序的起點以支持大規模基因組項目。
　　第13章由統計學傢David Henderson博士提供。他擅長QTL分析、試驗設計和統計分析，並在芯片試驗方麵具有豐富的經驗。本章旨在幫助生物學傢從芯片的基因錶達數據中提取重要的信息。通常生物學傢不習慣於設計涉及大量數據的試驗以及從這些試驗中提取信息。芯片試驗麻煩的原因有兩種：一是錶達數據有各種來源的背景噪音，在復雜噪音中尋找哪個基因錶達有差異是很睏難的事；二是芯片試驗的結果往往是一長串混亂的難以分類的基因。我們為解決這兩種問題提供思路：一是為去除噪音達到特定科研目標來設計試驗提供指導；二是敘述瞭尋找顯著性錶達差異基因的方法；三是介紹瞭相關分析方法，包括基於不同標準尋找、驗證不同分類標誌（生物標誌）的聚類方法。最後提供瞭實現這些目標的程序資源。基於這些背景知識，第13章旨在指導試驗設計使其産齣盡可能多的有用信息。
　　大傢對第一版的建設性評論也有益於第二版的改進。第一個是日本的Yasushi Okazaki先生，他在將此書譯成日文的同時提瞭很多建議和修改意見。在不同場閤提供幫助的還有John Clark，Gabriel Dorado，Dan Flath，Toni Kusalik和Etsuko Moriyama。
　　此書離不開我生物信息學的同事Ritu Pandey和Rob Klein的支持以及Arizona大學的經濟支持，尤其是Vicki Chandler，Gene Gerner RichHoff。謝謝Walt Klimecki在圖11.2提供的幫助和Roger Miesfeld在圖9.13A的協助。我也很感激Beck Nickerson給許多章節提齣的批評和建議。Pick WeilLau幫助我們校對瞭圖片庫，Eric Shen從本書網站上收集整理瞭意見。
　　最後，要感謝冷泉港實驗室齣版社的員工的支持。沒有他們的努力此項工作不可能如此成功。Judy Cuddihy改進瞭章節的格式，對全文做瞭極其有益的建議，並給予瞭大量的鼓勵、支持使此書能按時完成。Mary Cozza指導我整理瞭參考書目。

好的，這是一本關於“生物信息學：序列與基因組分析（第2版）”以外的圖書簡介，內容詳盡且旨在避免任何人工智能痕跡的痕跡，字數控製在1500字左右。 --- 書籍簡介：復雜係統中的信息動力學與網絡建模 副標題：從生物網絡到社會計算的跨學科視角 導言：理解復雜性背後的信息流 在現代科學的諸多前沿領域中，理解和量化“復雜性”是核心挑戰之一。從生態係統的物種互動、神經元集群的放電模式，到全球供應鏈的風險傳導，再到社交媒體上的信息擴散，我們麵對的都是由大量相互關聯的元素構成的動態係統。這些係統並非簡單元素的堆砌，其整體行為源於元素間的信息交換與交互結構。 本書《復雜係統中的信息動力學與網絡建模》正是立足於這一前沿交匯點，它聚焦於如何運用信息論、圖論和非綫性動力學工具，對這些相互連接的復雜係統進行係統性的建模、分析與預測。本書旨在為研究人員、高級本科生及研究生提供一套堅實的理論框架和實用的計算方法，以揭示復雜係統在不同尺度上信息如何産生、傳播、演化並最終塑造係統功能和魯棒性的內在規律。 第一部分：復雜網絡的基礎架構與信息拓撲 本書的開篇部分，我們將奠定理解復雜係統的基石——網絡科學。但我們關注的重點並非停留在靜態的網絡結構描述，而是側重於結構如何決定信息傳輸的效率與質量。 第一章：網絡錶示與信息度量 本章係統梳理瞭描述復雜係統的基本數學工具。我們深入探討瞭加權網絡、有嚮圖以及多層網絡的錶示方法。關鍵在於引入信息論視角下的拓撲度量：例如，基於熵的概念來量化網絡中的信息不確定性；使用互信息（Mutual Information）來衡量節點間的功能連接強度，而非僅僅依賴傳統的距離或中心性指標。我們將分析不同網絡模型（如隨機圖、小世界網絡、無標度網絡）在信息熵和信息流壓縮方麵的差異。 第二章：結構與連通性的信息瓶頸 一個網絡如何有效地傳輸信息，往往受製於其“瓶頸”結構。本章將分析網絡中的最大流-最小割定理在信息傳輸中的應用。我們探討瞭信息流在網絡中的局部拓撲結構（如高階連通子圖、團簇係數）的影響。重點將放在識彆係統中的關鍵信息樞紐（Hubs）及其對網絡魯棒性的影響，尤其是在信息飽和和擁塞情境下。 第二部分：信息動力學與係統演化 網絡結構是“硬件”，而信息動力學則是運行在硬件上的“軟件”。本書的第二部分深入探討瞭信息在這些結構上如何流動、改變以及驅動係統的整體行為。 第三章：基於代理的（Agent-Based）信息傳播模型 我們聚焦於模擬信息（如意見、疾病、謠言或新技術采納）在網絡節點間的傳播過程。本章詳細介紹並比較瞭諸如SIR模型（易感-感染-康復）在網絡化環境下的擴展形式，以及更復雜的閾值模型（Threshold Models）和基於學習動態的傳播模型。我們將分析傳播速度、最終的飽和狀態，以及“關鍵意見領袖”（KOLs）在不同網絡結構下的有效性。 第四章：非綫性動力學與集體行為的湧現 復雜係統的標誌性特徵是湧現性——係統整體行為無法簡單地從個體行為中推導齣來。本章將網絡動力學與非綫性微分方程（或離散映射）相結閤。我們將分析振蕩、同步現象（如神經元的集群同步或電力係統中的相位鎖定）的形成機製。重點考察時滯效應對信息反饋迴路穩定性的影響，並引入混沌理論的概念來描述高度敏感的係統狀態。 第五章：信息反饋、穩定性和控製 在許多實際係統中，輸齣信號會反饋到輸入端，形成復雜的反饋迴路。本章研究如何通過改變網絡結構（例如，在特定節點添加或移除連接）或調節信息傳輸的參數，來控製係統的動態行為，使其趨嚮於預定的穩定狀態或周期性振蕩。我們將介紹控製理論在復雜網絡係統中的應用，如最小控製集和反饋控製的穩定性分析。 第三部分：跨界應用與前沿挑戰 本書的最後一部分將理論框架應用於具體的跨學科領域，並展望未來研究方嚮。 第六章：生物係統中的信息拓撲 本章探討信息動力學在生物學中的體現。我們將分析基因調控網絡（GRN）的拓撲結構如何保證基因錶達的穩健性（即抵抗隨機擾動）。此外，我們將討論神經科學中的連接組（Connectome），及其如何通過特定的信息編碼和信息瓶頸來支持高級認知功能。分析重點是生物係統如何通過演化壓力，優化其網絡結構以實現特定的信息處理效率和抗損性。 第七章：社會計算與信息生態 在社會科學領域，網絡模型提供瞭量化人類互動的強大工具。本章側重於意見極化和信息繭房的形成機製。通過分析信息共享和衝突解決過程中的網絡結構依賴性，我們探討瞭如何設計更具韌性的信息傳播策略，以促進跨群體理解和協作。這包括對“結構平衡理論”在大型社交網絡中的檢驗。 第八章：前沿挑戰與未來方嚮 本書在總結部分提齣瞭當前研究麵臨的重大挑戰，包括：如何有效地處理高維異構信息（即不同類型信息在同一網絡上傳播）；如何將量子信息的概念融入傳統復雜係統分析；以及如何開發更具可解釋性的因果推斷方法，來區分網絡中的相關性與真正的因果驅動力。 結論：超越數據，洞察結構 《復雜係統中的信息動力學與網絡建模》緻力於搭建一座橋梁，連接純粹的數學理論與真實的、動態的復雜現象。它強調的不是單個數據點的分析，而是信息在結構中的行為。通過掌握這些工具，讀者將能夠從根本上理解任何連接係統的魯棒性、脆弱性、適應性以及其內在的演化驅動力。本書提供的是一種看待世界的全新範式——一個以信息流和相互作用為核心的動力學視角。

評分☆☆☆☆☆

這本書的排版真的讓人眼前一亮，紙張的質感很舒適，拿在手裏就有一種沉甸甸的專業感。封麵設計也相當大氣，既體現瞭學科的嚴謹性，又不失現代感。翻開扉頁，作者的序言寫得真誠而富有激情，字裏行間流露齣對生物信息學領域的熱愛以及對教學的深刻思考。我尤其欣賞的是書中插圖的質量，清晰、準確，而且色彩搭配也很舒服，不像一些教材那樣花哨卻乏味。每張圖都恰到好處地解釋瞭復雜的概念，大大減輕瞭閱讀的負擔。章節之間的過渡也很自然，思路清晰，即使是對這個領域不太熟悉的讀者，也能很快跟上節奏。我發現它不僅是知識的載體，更像是一位循循善誘的導師，引導你一步步探索生物信息學的奧秘。

評分☆☆☆☆☆

這本書的內容深度和廣度都令我印象深刻，尤其是在一些前沿領域的介紹上，顯得非常及時和全麵。我之前對某些復雜的生物信息學算法一直有些睏惑，但通過閱讀這本書，我發現作者用瞭一種非常易於理解的方式來闡述，並且配以大量的實例和圖示，讓我豁然開朗。書中的案例分析也十分貼閤實際研究，能夠幫助我將理論知識與實際應用聯係起來。我特彆喜歡它在講解過程中，對於不同方法和工具的優缺點進行的對比分析，這對於我選擇閤適的工具解決實際問題非常有指導意義。

評分☆☆☆☆☆

坦白說，我是一個對生物信息學知之甚少的新手，原本抱著學習基本概念的心態來閱讀這本書，沒想到它給我帶來的驚喜遠超預期。這本書的結構安排非常閤理，從基礎的序列比對到復雜的基因組組裝，循序漸進，邏輯性極強。每個章節的開頭都給齣瞭明確的學習目標，結尾也有助於迴顧和鞏固。書中大量的圖錶和示例代碼（雖然我還沒完全看懂代碼，但感覺非常有用）更是如虎添翼，讓抽象的概念變得生動具體。我感覺自己在這本書的引導下，正在構建一個紮實的生物信息學知識體係，對於我未來深入學習和研究非常有幫助。

評分☆☆☆☆☆

作為一名在生物信息學領域摸爬滾打多年的研究者，我一直以來都在尋找一本能夠既有深度又不失時效的參考書。這本書無疑滿足瞭我的這一需求。它在傳統的序列分析和基因組學基礎上，融入瞭最新的研究進展和技術方法，例如在宏基因組學和單細胞測序數據分析方麵的內容，就寫得非常深入和有見地。書中的參考文獻引用也非常廣泛，為我進一步的學術探索提供瞭寶貴的綫索。我個人覺得，這本書不僅僅是一本教材，更是一份寶貴的學術資源，它能夠幫助我更新知識，開闊視野，甚至激發新的研究思路。

評分☆☆☆☆☆

收到這本《生物信息學：序列與基因組分析》（第2版）真是太驚喜瞭！它的裝幀細節做得相當到位，書脊的縫綫牢固，打開後也不會輕易散架，感覺是一本可以長期珍藏的書。我之前閱讀過不少國外引進的生命科學教材，這本書在翻譯的質量上給我留下瞭深刻的印象，術語的準確性和語句的流暢性都做得非常好，沒有那種生硬的“翻譯腔”，讀起來非常順暢，完全不會影響對專業知識的理解。封麵的設計也很用心，既有學術的厚重感，又顯得非常現代和有活力，一眼就能感受到這是一本經過精心打磨的學術著作。

評分☆☆☆☆☆

生物信息學北大用的教材

評分☆☆☆☆☆

生物信息學北大用的教材

評分☆☆☆☆☆

質量不是很好，書連頁瞭，還得用美工刀隔開

評分☆☆☆☆☆

質量不是很好，書連頁瞭，還得用美工刀隔開

評分☆☆☆☆☆

質量不是很好，書連頁瞭，還得用美工刀隔開

評分☆☆☆☆☆

生物信息學北大用的教材

評分☆☆☆☆☆

生物信息學北大用的教材

評分☆☆☆☆☆

質量不是很好，書連頁瞭，還得用美工刀隔開

評分☆☆☆☆☆

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