發表於2024-11-05
前言
關於作者
第1部分 基因和染色體
第1章 基因是DNA
1.1 引言
1.2 DNA是細菌的遺傳物質
1.3 DNA是動物細胞的遺傳物質
1.4 多核苷酸鏈含有連接含氮堿基的糖磷酸骨架
1.5 超螺鏇影響DNA結構
1.6 DNA是雙螺鏇
1.7 DNA復製是半保留的
1.8 聚閤酶在復製叉處作用於分開的DNA鏈
1.9 遺傳信息可由DNA或RNA提供
1.10 核酸通過堿基配對進行雜交
1.11 突變改變DNA序列
1.12 突變影響單個堿基對或更長序列
1.13 突變效應可逆轉
1.14 突變集中在熱點
1.15 一些熱點來自修飾的堿基
1.16 一些遺傳因子是非常小的
1.17 小結
參考文獻
第2章 基因編碼蛋白質
2.1 引言
2.2 一個基因編碼一條肽鏈
2.3 同一基因上的突變不能互補
2.4 突變可能引起功能的喪失或獲得
2.5 一個基因座可有不同的突變等位基因
2.6 一個基因座可能會有不止一個野生型等位基因
2.7 DNA的互換産生重組
2.8 遺傳密碼是三聯體
2.9 每一序列具有三種可能的閱讀框
2.10 原核生物基因與其蛋白質呈共綫性關係
2.11 錶達一個基因的蛋白質産物需要幾個過程
2.12 蛋白質呈反式作用而DNA上的位點呈順式作用
2.13 小結
參考文獻
第3章 分子生物學與遺傳工程中的方法學
3.1 引言
3.2 核酸酶
3.3 剋隆
3.4 剋隆載體可因不同目的而專一化
3.5 核酸檢測
3.6 DNA分離技術
3.7 DNA測序
3.8 PCR和RTPCR
3.9 印跡方法
3.10 DNA微陣列
3.11 染色質免疫沉澱
3.12 基因敲除和轉基因物種
3.13 小結
第4章 斷裂基因
4.1 引言
4.2 斷裂基因由外顯子和內含子組成
4.3 外顯子和內含子由不同的堿基組成
4.4 斷裂基因的結構是保守的
4.5 在負選擇時外顯子序列保守而內含子序列變化多端
4.6 在正選擇時外顯子序列變化多端而內含子序列保守
4.7 基因大小的變化範圍很廣
4.8 某些DNA序列編碼多種肽鏈
4.9 某些外顯子與蛋白質功能域等同
4.10 基因傢族成員具有共同的結構
4.11 遺傳信息不完全包含在DNA之中
4.12 小結
參考文獻
第5章 基因組概述
5.1 引言
5.2 在不同的分辨率水平繪製基因組圖
5.3 個體基因組呈現廣範變化
5.4 利用RFLP和SNP繪製遺傳圖
5.5 真核生物基因組包含非重復DNA序列和重復DNA序列
5.6 外顯子的保守性鑒定真核生物編碼蛋白質的基因
5.7 基因組結構的保守性有助於鑒定基因
5.8 某些細胞器含有DNA
5.9 細胞器基因組是編碼細胞器蛋白質的環狀DNA分子
5.10 葉綠體基因組編碼多種蛋白質和RNA
5.11 綫粒體和葉綠體是通過內共生進化來的
5.12 小結
參考文獻
第6章 基因組序列和基因數目
6.1 引言
6.2 細菌基因總數的差異可超過一個數量級
6.3 現已知多種真核生物的基因總數
6.4 基因有多少不同的類型
6.5 人類基因數目少於預期
6.6 在基因組中基因和其他序列的分布
6.7 Y染色體雄性特異基因
6.8 有多少基因是必需的
6.9 真核生物約10000個基因在不同層次廣泛錶達
6.10 可以整體測齣錶達基因的數目
6.11 小結
參考文獻
第7章 成簇與重復
7.1 引言
7.2 不等交換使基因簇發生重排
7.3 編碼rRNA的基因形成包括恒定轉錄單位的串聯重復
7.4 固定的交換使各個重復單元的序列保持完全相同
7.5 衛星DNA一般位於異染色質中
7.6 節肢動物衛星DNA具有很短的相同重復
7.7 哺乳動物衛星DNA由分級的重復序列所組成
7.8 小衛星序列可用於遺傳作圖
7.9 小結
參考文獻
第8章 基因組進化
8.1 引言
8.2 突變和分選機製使DNA序列進化
8.3 通過測量DNA序列變異可探查自然選擇
8.4 DNA序列趨異的恒定速率就是分子鍾
8.5 重復序列的趨異度可以度量中性替換率
8.6 斷裂基因怎樣進化
8.7 某些基因組為何如此之大
8.8 形態復雜性是通過增加新的基因功能進化而來的
8.9 基因重復在基因組進化中的作用
8.10 珠蛋白基因簇由重復和趨異形成
8.12 基因組多倍化(重復) 在植物和脊椎動物進化中的作用
8.13 轉座因子在基因進化中的作用
8.14 在突變和基因轉換以及密碼子使用上的偏愛性
8.15 小結
參考文獻
第9章 染色體
9.1 引言
9.2 病毒基因組包裝進它們的外殼裏
9.3 細菌基因組是一個擬核結構
9.4 細菌基因組是超螺鏇的
9.5 真核生物DNA具有附著於支架的環和結構域
9.6 特殊序列將DNA連接在間期基質上
9.7 染色質可以分為常染色質和異染色質
9.8 染色體帶型
9.9 燈刷染色體側環嚮外延伸
9.10 多綫染色體形成橫紋
9.11 多綫染色體在基因錶達位點齣現染色體疏鬆
9.12 真核生物細胞染色體是一種分離裝置
9.13 著絲粒局部含有組蛋白H3變異體和重復DNA序列
9.14 釀酒酵母中的點著絲粒具有必需的DNA短序列
9.15 釀酒酵母中的著絲粒與蛋白質復閤體結閤
9.16 端粒具有簡單重復序列
9.17 端粒封閉染色體末端且在減數分裂的染色體配對中起作用
9.18 端粒由核糖核蛋白酶閤成
9.19 端粒是生存必需的
9.20 小結
參考文獻
第10章 染色質
10.1 引言
10.2 DNA以核小體串珠方式組織
10.3 核小體是所有染色質的亞單元
10.4 核小體是共價修飾的
10.5 組蛋白變異體産生可變核小體
10.6 核小體錶麵的DNA結構變化
10.7 核小體在染色質縴絲中的途徑
10.8 染色質復製需要核小體的裝配
10.9 核小體是否位於特殊位點
10.10 在轉錄過程中核小體被置換和重新裝配
10.11 DNA酶超敏性可檢測染色質結構的改變
10.12 絕緣子是轉錄不相關的結構域
10.13 LCR可以調控一個結構域
10.14 小結
參考文獻
第2部分 DNA復製與重組
第11章 復製子
11.1 引言
11.2 復製子可以是綫性的或環狀的
11.3 復製起始點可用放射自顯影和電泳技術顯示
11.4 細菌基因組通常是單一環狀復製子
11.5 細菌起始點的甲基化調控復製起始
11.6 復製後起始點可以被阻斷
11.7 古細菌染色體可包含多個復製子
11.8 每條真核生物細胞染色體包含多個復製子
11.9 從酵母中分離復製起始點
11.10 許可因子控製瞭真核生物的再復製
11.11 許可因子由MCM蛋白組成
11.12 D環維持綫粒體起始點
11.13 小結
參考文獻
第12章 染色體外復製子
12.1 引言
12.2 就復製而言綫性DNA末端結構很重要
12.3 末端蛋白能夠在病毒DNA的末端起始復製
12.4 滾環産生復製子的多聯體
12.5 滾環被用來復製噬菌體基因組
12.6 通過細菌間的接閤轉移F因子
12.7 接閤能轉移單鏈DNA
12.8 植物中的細菌Ti質粒誘發冠癭病
12.9 T-DNA攜帶感染所需的基因
12.10 T-DNA的轉移類似於細菌接閤
12.11 小結
參考文獻
第13章 細菌復製與細胞周期的關係
13.1 引言
13.2 復製與細胞周期的關係
13.3 隔膜將細菌分隔成各含一條染色體的子代
13.4 與分裂或分離有關的基因突變影響細胞形態
13.5 FtsZ蛋白是隔膜形成所必需的
13.6 min和noc/slm基因可調節隔膜定位
13.7 染色體分離可能需要位點專一性重組
13.8 分隔涉及染色體的分開
13.9 單拷貝質粒有一個分隔係統
13.10 質粒不相容性由復製子決定
13.11 ColE1相容性係統受控於RNA調節物
13.12 綫粒體如何復製和分離
13.13 小結
參考文獻
第14章 DNA復製
14.1 引言
14.2 起始:在起始點oriC形成復製叉
14.3 DNA聚閤酶是閤成DNA的酶
14.4 DNA聚閤酶有多種核酸酶活性
14.5 DNA聚閤酶控製復製保真度
14.6 DNA聚閤酶具有共同結構
14.7 兩條DNA新鏈具有不同的閤成模式
14.8 復製需要解鏇酶和單鏈結閤蛋白
14.9 啓動DNA閤成需要引發
14.10 前導鏈和後隨鏈的協同閤成
14.11 DNA聚閤酶全酶由多個亞復閤體組成
14.12 箍鉗蛋白控製瞭核心聚閤酶和DNA之間的結閤
14.13 連接酶將岡崎片段連接在一起
14.14 真核生物中不同DNA聚閤酶分彆負責起始和延伸
14.15 T4噬菌體為自身提供復製裝置
14.16 跨越損傷修復需要聚閤酶置換
14.17 小結
參考文獻
第15章 同源重組與位點專一性重組
15.1 引言
15.2 同源重組發生在減數分裂中的聯會染色體之間
15.3 雙鏈斷裂啓動重組
15.4 基因轉換導緻等位基因之間的重組
15.5 依賴閤成鏈的退火模型
15.6 非同源末端連接可修復雙鏈斷裂
15.7 單鏈退火機製在一些雙鏈斷裂處發揮作用
15.8 斷裂誘導復製能修復雙鏈斷裂
15.9 減數分裂染色體由聯會復閤體連接
15.10 聯會復閤體在雙鏈斷裂後形成
15.11 配對與聯會復閤體的形成是兩個獨立過程
15.12 chi序列激活細菌RecBCD係統
15.13 鏈轉移蛋白催化單鏈同化
15.14 Holliday連接體必須被解開
15.15 參與同源重組的真核生物基因
15.16 特化的重組涉及特異位點
15.17 位點專一性重組涉及斷裂和重接
15.18 位點專一性重組類似於拓撲異構酶活性
15.19 λ噬菌體重組發生在整閤體中
15.20 酵母通過開關沉默基因和活性基因座來轉換交配型
15.21 受體MAT基因座啓動單嚮基因轉換
15.22 錐蟲中的抗原變異運用同源重組
15.23 適閤於實驗係統的重組途徑
15.24 小結
參考文獻
第16章 修復係統
16.1 引言
16.2 修復係統校正DNA損傷
16.3 大腸杆菌中的切除修復係統
16.4 真核生物核苷酸切除修復途徑
16.5 堿基切除修復係統需要糖基化酶
16.6 易錯修復
16.7 控製錯配修復的方嚮
16.8 大腸杆菌中的重組修復係統
16.9 重組是修復復製差錯的重要機製
16.10 真核生物中雙鏈斷裂的重組修復
16.11 非同源末端連接也可修復雙鏈斷裂
16.12 真核生物中的DNA修復與染色質背景有關
16.13 RecA蛋白引發SOS係統
16.14 小結
參考文獻
第17章 轉座因子和反轉錄病毒
17.1 引言
17.2 插入序列是簡單的轉座因子
17.3 轉座可通過復製和非復製機製産生
17.4 轉座子引起DNA重排
17.5 復製型轉座要經過一個共整閤階段
17.6 非復製型轉座要經過鏈的斷裂與重接
17.7 玉米轉座子會引起斷裂與重排
17.8 玉米中轉座子形成幾個傢族
17.9 轉座因子在雜種劣育中的作用
17.10 P因子在生殖細胞中被活化
17.11 反轉錄病毒生命周期包括類轉座事件
17.12 反轉錄病毒基因編碼多聚蛋白質
17.13 病毒DNA由反轉錄産生
17.14 病毒DNA整閤到染色體中
17.15 反轉錄病毒能轉導DNA序列
17.16 酵母Ty因子類似反轉錄病毒
17.17 黑腹果蠅中存在多種類型的轉座因子
17.18 反轉錄因子分為三類
17.19 Alu傢族具有許多廣泛分布的散在重復序列成員
17.20 LINE利用內切核酸酶活性産生引發末端
17.21 小結
參考文獻
第18章 體細胞重組與免疫係統中的高變
18.1 免疫係統:先天免疫和獲得性免疫
18.2 先天免疫應答利用保守的識彆分子與信號通路
18.3 獲得性免疫
18.4 剋隆選擇作用擴增齣可應答給定抗原的淋巴細胞
18.5 Ig基因由淋巴細胞內多個分散的DNA片段裝配而成
18.6 輕鏈基因由一次重組事件裝配而成
18.7 重鏈基因由兩次有序重組事件裝配而成
18.8 重組産生廣泛的多樣性
18.9 免疫重組需要兩類共有序列
18.10 缺失和倒位可産生V (D)JDNA重組
18.11 有效重排引發等位基因排斥
18.12 RAG1/RAG2蛋白催化V (D) J基因區段的斷開和重接
18.13 RNA加工可調節早期Ig重鏈的錶達
18.14 由DNA重組來實施Ig的類型轉換
18.15 CSR涉及NHEJ途徑中的一些元件
18.16 小鼠和人類體細胞(SHM) 産生瞭額外的多樣性
18.17 SHM由AID蛋白·Ung蛋白·錯配DNA修復(MMR) 裝置和損傷DNA 閤成(TLS)聚閤酶導
18.18 假基因參與鳥類免疫球蛋白的裝配
18.19 B淋巴細胞記憶可以引起快速強烈的次級免疫應答
18.20 BCR與TCR相關
18.21 TCR與MHC一起發揮作用
18.22 主要組織相容性基因座編碼一群參與免疫識彆的基因
18.23 小結
參考文獻
第3部分 轉錄與轉錄後機製
第19章 原核生物的轉錄
19.1 引言
19.2 轉錄發生在沒有配對的DNA “泡” 中並根據堿基互補配對原則進行
19.3 轉錄反應的三個階段
19.4 細菌RNA聚閤酶由多個亞基組成
19.5 RNA聚閤酶全酶包括核心酶和σ因子
19.6 RNA聚閤酶如何發現啓動子序列
19.7 全酶在識彆與逃逸啓動子的過程中經曆瞭轉換反應
19.8 σ因子通過識彆啓動子中的特定序列來控製與DNA的結閤
19.9 突變可增強或降低啓動子效率
19.10 RNA聚閤酶的多個區域可與啓動子DNA直接接觸
19.11 足跡法是一種可用於鑒定RNA聚閤酶�財舳�子和DNA�駁鞍字實南嗷プ饔玫母叻直媛史椒�
19.12 在啓動子逃逸過程中σ因子與核心RNA聚閤酶之間的相互作用發生改變
19.13 晶體結構提示酶的移動模型
19.14 停滯的RNA聚閤酶可以再次啓動
19.15 細菌RNA聚閤酶的終止發生在離散的位點
19.16 ρ因子如何工作
19.17 超螺鏇是轉錄的一個重要特徵
19.18 T7噬菌體的RNA聚閤酶是一個良好的模型係統
19.19 σ因子的競爭能調節轉錄起始
19.20 σ因子可以組織成幾個級聯反應
19.21 芽胞形成由σ因子控製
19.22 抗終止可以是一個調控事件
19.23 細菌mRNA的生命周期
19.24 小結
參考文獻
第20章 真核生物的轉錄
20.1 引言
20.2 真核生物的RNA聚閤酶由多個亞基組成
20.3 RNA聚閤酶Ⅰ有一個雙嚮啓動子
20.4 RNA聚閤酶Ⅲ既使用下遊啓動子也使用上遊啓動子
20.5 RNA聚閤酶Ⅱ的起點
20.6 TBP蛋白是一種通用因子
20.7 啓動子上基礎轉錄裝置的裝配
20.8 轉錄起始後緊隨啓動子清除和延伸
20.9 增強子含有能輔助起始的雙嚮元件
20.10 增強子通過提高啓動子附近激活因子的濃度而起作用
20.11 基因錶達和去甲基化有關
20.12 CpG島是調控靶標
20.13 小結
參考文獻
第21章 RNA的剪接和加工
21.1 引言
21.2 真核生物mRNA的5′端被加帽
21.3 細胞核內的RNA剪接連接點是各種短序列
21.4 剪接位點被成對解讀<
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