蛋白质组学研究:概念技术及应用 [Proteome Research Concepts,Technology and Application(Second Edition)]

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[澳大利亚] M.R.威尔金斯,[瑞士] R.D.阿佩尔,[澳大利亚] K.L.威廉斯,[瑞士] D.F.霍赫斯特拉塞尔 著,张丽华,梁振,张玉奎 等 译
图书标签:
  • 蛋白质组学
  • 生物技术
  • 分子生物学
  • 生命科学
  • 蛋白质分析
  • 生物医学
  • 基因组学
  • 生物信息学
  • 研究方法
  • 应用
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出版社: 科学出版社
ISBN:9787030272188
版次:31
商品编码:11646131
包装:平装
丛书名: 生命科学前沿
外文名称:Proteome Research Concepts,Technology and Application(Second Edition)
开本:16开
出版时间:2010-05-01
用纸:胶版纸#

具体描述

内容简介

  在蛋白质组学水平上,对生命活动的功能执行体——蛋白质进行深入系统的研究,不仅有助于全景式地揭示生命活动的本质,而且对于研究疾病机制、发展顶警、诊断和治疗方法均具有重要意义。《蛋白质组学研究:概念技术及应用》在综述蛋白质组学近10年的发展历程基础上,探讨了蛋白质组在样品预处理、质谱鉴定、定量分析、成像分析、数据处理,相互作用等方面的技术发展,并介绍了蛋白质组学在生物、医学领域的应用。此外,还对蛋白质组学未来的发展方向进行了展望。
  《蛋白质组学研究:概念技术及应用》可供生物、医学、化学、药学等领域的研究人员参考,也可作为高等院校相关专业本科生和研究生的参考书。

目录

译者序
再版序
再版前言

第1章 蛋白质组学的10年
1.1 蛋白质组学导引
1.1.1 蛋白质组学的含义是什么?
1.1.2 事情是否会有所不同?
1.2 技术推动了蛋白质组学的发展
1.2.1 蛋白质分离
1.2.2 质谱分析
1.2.3 数据解析
1.3 蛋白质组学传达了什么信息?
1.4 什么尚不清楚?
1.5 本书内容和相关结论
参考文献

第2章 基于电泳的蛋白质组样品制备与预分级技术
2.1 引言
2.2 常规的样品制备
2.3 人为修饰
2.3.1 半胱氨酸的还原与烷基化
2.3.2 半胱氨酸的β-消除
2.3.3 赖氨酸的氨甲酰化
2.4 蛋白质组学的多元化研究方法
2.5 预分级技术
2.5.1 离心分级
2.5.2 色谱技术
2.5.3 电泳技术
2.6 用于样品预分级的其他方法
2.6.1 高丰度蛋白质的去除
2.6.2 均衡器颗粒
2.7 结论
参考文献

第3章 蛋白质组学中的蛋白质鉴定
3.1 引言
3.2 蛋白质鉴定中有用的属性
3.2.1 来源种类
3.2.2 蛋白质等电点
3.2.3 蛋白质分子质量
3.2.4 部分序列或序列标签
3.2.5 蛋白质氨基酸组成
3.3 蛋白质质谱鉴定技术
3.3.1 用于蛋白质鉴定的top-down和bottom-up策略
3.3.2 MS概述
3.3.3 基于肽质量指纹谱鉴定蛋白质
3.3.4 基于多级质谱的蛋白质鉴定
3.4 工具和网址列表
3.5 结语
参考文献

第4章 定量蛋白质组学
第5章 一个基因,多个蛋白质
第6章 蛋臼质组成像技术
第7章 蛋白质组学的数据集成
第8章 蛋白质的相互作用
第9章 蛋白质组学在生物医学中的应用
第10章 蛋白质组学:下一步在哪里?
图版
精准医学的基石:下一代基因组学与转录组学深度解析 本书聚焦于人类健康与疾病研究的前沿领域,全面涵盖了基因组学、转录组学及其在临床转化中的最新进展与应用。 第一部分:基因组学基础与进化 第一章:人类基因组的精细结构与功能元件 本章深入剖析了人类基因组的复杂性,从宏观的染色体结构到微观的DNA序列特征。重点探讨了非编码DNA(如内含子、着丝粒、端粒)的功能角色,以及它们在基因调控网络中的关键作用。特别关注了重复序列(如转座子)的动态变化及其对基因组稳定性和进化施加的影响。本章还详细介绍了高分辨率基因组测绘技术(如PacBio SMRT、Oxford Nanopore)如何揭示传统测序技术无法解析的结构变异,为理解复杂疾病的遗传基础提供了新的视角。 第二章:单核苷酸多态性(SNP)与疾病易感性 本章系统梳理了SNP的发现、分型和关联研究方法。内容涵盖了全基因组关联研究(GWAS)的设计原理、数据分析挑战(如多重检验校正、群体结构控制),以及如何通过功能注释来阐释GWAS发现的非编码区SNP的致病机制。探讨了稀有变异(Rare Variants)在罕见病和复杂疾病中的独特贡献,以及如何利用大规模人群队列数据来提高这些变异的统计效能。 第三章:表观遗传学:DNA甲基化与组蛋白修饰的动态调控 本章着重于基因组信息表达层面的调控机制。详细阐述了DNA甲基化、组蛋白翻译后修饰(如乙酰化、甲基化、磷酸化)的分子机制及其对染色质可及性的影响。重点介绍了用于解析全基因组甲基化图谱(WGBS、MeDIP-seq)和组蛋白修饰位点(ChIP-seq)的技术流程、数据处理与生物学解读。同时,探讨了表观遗传标记在发育过程中的重编程以及在肿瘤发生发展中的异常模式。 第二部分:转录组学:从基因表达到功能网络 第四章:高通量测序时代的转录组学技术 本章全面介绍了当前主流的RNA测序技术。内容从经典的mRNA测序扩展到全长转录组测序(Iso-Seq),强调了如何通过这些技术精确识别基因的不同剪接异构体(Splicing Isoforms)。深入解析了非编码RNA(ncRNA)的研究范畴,包括长链非编码RNA(lncRNA)和环状RNA(circRNA)的鉴定、表达谱分析及其作为分子调控器的潜在功能。 第五章:单细胞转录组学:解析异质性与细胞图谱构建 本章聚焦于革命性的单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术。详细介绍了微流控平台(如10x Genomics)的工作原理、数据捕获效率与偏差分析。重点阐述了如何利用降维、聚类分析(如Seurat, Scanpy)来识别和定义新的细胞亚群,以及如何进行细胞轨迹推断(Pseudotime Analysis)来模拟连续的细胞分化过程。本书籍特别收录了空间转录组学(Spatial Transcriptomics)的最新进展,展示了在组织微环境中解析基因表达的空间上下文信息。 第六章:转录组数据分析的高级统计模型与功能富集 本章提供了转录组数据差异表达分析(如DESeq2, edgeR)的深入解读,并超越了简单的差异基因筛选。内容涵盖了复杂的比较分析,如多组学数据整合、时间序列分析。深入讲解了基因本体论(GO)和通路富集分析(KEGG, Reactome)的统计学基础,并探讨了利用网络分析方法来构建和解读基因调控网络,识别关键的Hub基因。 第三部分:临床转化与前沿应用 第七章:生物信息学基础设施与数据标准化 本章着眼于支撑基因组学和转录组学研究的基础设施建设。讨论了大型数据集的管理、存储(如云平台应用)和计算资源优化。详细介绍了数据质量控制(QC)的关键指标和标准化的流程,强调了数据共享、可重复性研究(Reproducibility)以及符合FAIR原则(Findable, Accessible, Interoperable, Reusable)的数据管理策略。 第八章:从变异到药物:基因组学在药物研发中的角色 本章探讨了基因组学信息在精准治疗中的直接应用。内容包括药物基因组学(Pharmacogenomics)如何指导特定患者对药物的反应性预测,以及如何利用基因分型数据来优化药物剂量和减少不良反应。详细阐述了基于基因组或转录组特征的靶点发现策略,特别是针对复杂疾病如心血管疾病和神经退行性疾病的遗传风险评分(PRS)的构建与验证。 第九章:液体活检与循环游离DNA(cfDNA)分析 本章聚焦于非侵入性诊断的前沿技术——液体活检。深入解析了cfDNA和循环肿瘤DNA(ctDNA)的来源、释放机制及其在癌症早期筛查、治疗反应监测和微小残留病灶(MRD)检测中的应用潜力。讨论了超灵敏的数字PCR(ddPCR)和靶向测序技术如何提高ctDNA的检出限,并探讨了该技术在移植医学(如移植物排斥监测)中的新兴应用。 第十章:数据整合与多组学模型构建 本章总结了将基因组、转录组与临床表型数据进行有效整合的策略。讨论了基于机器学习和深度学习模型(如神经网络)来处理高维生物学数据的优势。重点介绍了如何构建综合性的预测模型,以期实现对疾病进展、预后判断以及治疗反应更准确的预测,为推进个体化医疗提供量化工具。 --- 本书的特色: 本书严格遵循现代生命科学研究的实际操作流程,从实验设计、技术原理、数据分析到临床解读,提供了一个无缝衔接的知识体系。作者群汇集了资深生物信息学家和临床遗传学家,确保了内容的严谨性、前沿性和实践指导性。本书旨在为生命科学、医学、药学及生物工程领域的研究生、青年研究人员以及致力于转化医学实践的临床医生提供一本全面而深入的参考指南。

用户评价

评分

对于《蛋白质组学研究:概念技术及应用》第二版,我最期待的是它能够帮助我建立起一套完整的蛋白质组学研究思维框架。我知道蛋白质组学是一个交叉学科,涉及生物学、化学、信息学等多个领域,理解起来并不容易。我希望这本书能够从最基本的蛋白质组学概念讲起,比如蛋白质的结构、功能、修饰等等,然后逐步深入到各种先进的蛋白质组学技术,如质谱、色谱、抗体芯片等,并且详细介绍这些技术的原理、优缺点以及适用范围。我尤其关心的是书中关于数据分析的部分,因为蛋白质组学产生的数据量巨大,如何有效地对数据进行挖掘和解读,是研究成功的关键。我希望这本书能提供一些实用的数据分析策略和工具推荐。最后,我希望这本书能在“应用”部分展现蛋白质组学研究的广阔前景,比如在肿瘤研究、神经科学、微生物学等领域的最新进展,以及如何将蛋白质组学技术应用于药物开发和生物标志物发现。总而言之,我希望这本书能够成为我学习和研究蛋白质组学的得力助手。

评分

我真的迫不及待想翻开这本《蛋白质组学研究:概念技术及应用》第二版!从书名就能感受到它的厚重和专业,对于我这样一个对蛋白质组学充满好奇,但又觉得它像座迷宫的读者来说,这本书简直是黑夜里的灯塔。我一直觉得,蛋白质作为生命活动的执行者,它们的世界一定比基因的世界更加波澜壮阔,也更加难以捉摸。这本书能带我从最基础的概念入手,深入浅出地剖析蛋白质组学到底是什么,它和基因组学、转录组学又有什么样的联系和区别。那些听起来就很炫酷的技术,比如质谱、色谱、芯片等等,不知道在这本书里会以怎样的形式呈现?是枯燥的原理讲解,还是生动的图文结合?我特别期待书中能有一些实际案例的分析,让我看到这些复杂的技术是如何被应用到具体的科学研究中,解决实际问题的。比如,在疾病诊断、药物研发、甚至生命起源的研究中,蛋白质组学扮演着怎样的角色?读完这本书,我希望我能对蛋白质组学有一个系统、全面的认识,不再是零散的知识点,而是能够构建起一个清晰的知识体系,为我今后的学习和研究打下坚实的基础。

评分

收到这本《蛋白质组学研究:概念技术及应用》第二版,我的第一反应就是它的实用性。我一直认为,一本好的学术专著,不应该仅仅是理论的堆砌,更应该能够指导实际的研究工作。从书名来看,它显然是朝着这个方向努力的。我特别希望书中关于“技术”的部分能够足够详尽和更新。例如,在质谱技术日益发展的今天,不同类型的质谱仪在蛋白质组学研究中有何优劣?如何根据不同的研究问题选择合适的质谱平台?数据分析方面,有哪些最新的算法和软件可以帮助我们从海量数据中挖掘出有价值的信息?另外,“应用”部分我也会仔细研读,希望能看到一些实际的研究案例,比如如何利用蛋白质组学技术开发新型的诊断试剂,或者如何通过蛋白质组学来理解某个复杂生物过程的分子机制。我期待这本书能提供一些“干货”,让我读完之后,不仅能理解理论,更能动手去实践,甚至能够独立设计和开展蛋白质组学相关的研究项目。

评分

我个人对这本书的期待,更多是它能否提供一个全新的视角来看待生命科学研究。我们都知道,基因是蓝图,RNA是信使,而蛋白质则是真正执行生命活动的执行者。过去,我们可能更多地关注基因层面的调控,但现在,随着技术的发展,直接研究蛋白质的组学层面的信息变得越来越可行。《蛋白质组学研究:概念技术及应用》第二版,我希望它能带领我深入到蛋白质的宏大世界,理解蛋白质的种类、结构、相互作用以及它们在细胞内外的复杂网络。我猜想书中会详细介绍各种高通量蛋白质组学技术,比如如何捕捉、分离、鉴定和定量大量的蛋白质,以及如何分析这些海量数据。更重要的是,我希望这本书能启发我对蛋白质组学在疾病机制研究中的应用有更深刻的理解。很多疾病的发生发展,都与蛋白质的异常表达、修饰或功能改变密切相关,如果能通过蛋白质组学手段,找到疾病的生物标志物,或者揭示新的治疗靶点,那将是多么了不起的成就!我期待这本书能提供这样的启示和方法论。

评分

这本《蛋白质组学研究:概念技术及应用》第二版,我预感它将成为我书架上最常被翻阅的工具书之一。我之前的学习经历中,总是感觉蛋白质组学相关的资料要么过于碎片化,要么就是深度太过晦涩,难以找到一本能将概念、技术和应用有机整合起来的佳作。这本书恰好填补了这个空白。从“概念”入手,意味着它不会一开始就抛出技术细节,而是会循序渐进地引导读者理解蛋白质组学的核心思想和研究范式,这一点对我这样的初学者来说至关重要。而“技术”部分,我猜想应该涵盖了当前最前沿的分析方法和平台,无论是定性还是定量,从单细胞到群体,从体内到体外,应该都有涉及。最让我期待的是“应用”篇章,因为理论学习最终要落地,我希望书中能展示蛋白质组学如何赋能生物医药、农业育种、环境保护等多个领域,通过具体的案例研究,展现蛋白质组学研究的强大潜力,激发我的创新思维,让我思考如何将这些知识运用到我自己的研究方向中去。

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