前 言 世界夠大，時間夠多
01達爾文進化論的局限
達爾文進化論的局限在於，它無法解釋遺傳現象。生命起源於何處？更好、更強的適者從何而來？大自然如何無中生有，如何創新？達爾文的進化論是人類曆史上傑齣的學術成就，但生物進化的秘密遠不是達爾文進化論所能窮盡的。生物學在20世紀發生瞭翻天覆地的變化，現代技術得以帶領我們探索生命進化的動力和起源。
02新性狀的起源
新性狀的齣現有賴於新的分子和閤成這些新分子的化學反應的存在。生命以及生命背後驅動新性狀齣現的動力並不是神秘莫測的東西，這種動力本身和生命一樣古老。我們還不知道生命到底是如何從最簡單的形式進化齣瞭如此高的復雜性，但我們知道，生命的開端不是一個自我復製的分子，而是一張新陳代謝的網絡。
03宇宙圖書館
一種生物所具有的全部生化反應構成瞭這種生物的新陳代謝。新陳代謝進化的本質在於重新組閤。生命時刻在嘗試每一種可能的基因新組閤，重新解讀，重新編譯，然後重新布局代謝遺傳，毫不停歇，從而造就並提升著代謝的多樣性。新的代謝能力是不斷驅動生命拓展最前沿陣地的引擎。
04構型之美
蛋白質是生命的驅動者。每種蛋白質的構型都高度復雜，與它們執行的功能相適應。蛋白質的構型維持著生命世界的運轉。大自然可以用蛋白質書寫不同的文本，更多的文本就意味著更多的構型，參與更多的催化反應，執行更多的功能和完成更多的任務。
05命令與操控
無論多復雜的生物，它的形態和功能都受到調節因子的控製。調節因子占據著某個基因相鄰的一小段DNA，一旦它們遇上特定的DNA序列，就會與之結閤。調節因子與相應的DNA需要在形態上互補。有些基因錶達能被調節因子抑製，有些基因則需要它們激活。調節因子指導著所有生物的發育。調節因子之間相互調控，形成瞭復雜的網絡。
06神秘的建築師
多變的環境催生瞭生物的復雜性，而復雜性促成瞭發育穩態，發育穩態繼而造就瞭基因型網絡，後者讓進化成為可能，使得生物能夠通過演變適應環境的變化、提高自身的復雜性，循環往復，生物進化通過這種方式螺鏇上升。這種進化方式的核心在於處在多維空間的基因型網絡的自組織性。自組織性是生命絢爛光彩背後的支持者，它是隱藏的生命建築師。
07從大自然到工程技術
自然進化和技術創新有諸多共同之處，促進自然進化的基因型網絡在人類技術進步中同樣存在。與自然界類似，科研人員也總是行進在各自領域的最前綫，他們依賴不斷的試錯、
人海戰術、多起源策略和組閤優化，模仿自然的創造能力，實現技術突破和創新。技術發明的精簡主義和高雅主義，深深隱藏在現實世界的背後。
後 記 柏拉圖的洞穴
譯者後記
· · · · · · (收起)
具體描述
“生命科學書係”之一。這是一本關於進化論的書。達爾文的自然選擇理論能很好地解釋瞭適者是如何經過漫長的時間保留瞭下來，但是無法解釋適者究竟是怎麼到來的。僅僅曆經38億年的隨機突變，能解釋翅膀、眼球是怎麼來的嗎？如果答案是“否”的話，該如何解釋進化的速度與效率呢？《適者的到來》這本書，就是作者15年的研究成果，補上瞭達爾文理論缺失的部分，揭開瞭生命多樣性的奧秘。
用戶評價
##kindle. 聖塔菲係列。迅速刷過。最底層的邏輯是簡潔且標準化的，比如計算機語言中的0和1，比如ATP和能量利用、新陳代謝。 但是在需要解決問題的時候，條條大路通羅馬（復雜網絡的魯棒性、冗餘的重要性）。所以解決同一個問題，會有多次不同的起源，不同的路徑來解決同一個問題。這些路徑之間並不互相替代，而是有可能作為彼此的plan b.
評分##對科技創新很有藉鑒價值的。直覺生物學會是我下一塊骨頭。
評分##生物的進化並不是我們想象的那樣完全隨機變異，再交由自然選擇進行剪裁。變異也會遵循一定的規則，而代謝方式絕對是這些規則集閤的重中之重。如果將DNA看做數韆維度的信息存儲圖書館，地球上的生靈還遠遠沒有探索窮盡這個圖書館的所有角落
評分##結構上跟達爾文黑匣子正好相反，這本上來先下結論（很委婉，隻是說達爾文進化論沒法解釋物種起源），後麵每章都通過對微觀的細胞生化作用來反駁進化論（進化論到微觀世界就解釋不瞭）。這書剛開始時那些類比還是挺有意思的，但是後麵每介紹個工作狀況、實驗設計都要把同事搬齣來然後贊美一番，有些奇怪；另外就是這本沒有達爾文的黑匣子寫的那麼深刻，沒有揭示反駁進化論帶來的深層次意義（感覺到作者小心謹慎，畢竟現在進化論是主流）
評分##使用數學模型以及工程技術，研究進化論，尤其基因錶現型的製作。解瞭很多惑，但也有很多理解不瞭，比如作者常常使用的“圖書館”這一比喻其代錶的含義。 “多變的環境催生瞭生物的復雜性，而復雜性促成瞭發育穩態，發育穩態繼而造就瞭基因型網絡，而基因型網絡的存在讓進化成為可能，使得生物能夠通過演變適應環境的變化、提高自身的復雜性，循環往復，生物進化通過這種方式螺鏇上升。這種進化方式的核心在於處在多維空間的基因型網絡的自組織性。自組織性是生命絢爛光彩背後的支持者，它是隱藏的生命建築師”
評分##1自然選擇可解釋最適者何以生存，卻無法解釋最適者如何降臨。鑒於隨機的低概率值，不能用完全的隨機突變解釋新性狀的起源。2代謝反應和蛋白質種類之多，為生命多樣性演化路綫提供瞭可能或底闆。自然界中每天都有不計其數的生物加班加點閤成新型蛋白質。生命片刻不停重新布局代謝遺傳，提升代謝多樣性。需要一新蛋白質解決問題時，解決方案常數不勝數；每個調控環路社區都有數百錶現型相同的鄰路：世界為生命的豐富性提供瞭無窮底闆，海底都是針。3基因水平轉移能夠在親緣關係或遠或近的生物間發生。細菌基因組中的大部分是從彆處交換來的，細菌的基因轉移能力是其在代謝進化中具有霸主地位的最重要原因。4決定細胞身份的不是特異分子，而是所含數百種蛋白質的組閤方式。調節分子之於基因轉錄如議員之於國王。中性突變並不更多，卻是通嚮目的之必經路
評分##按需。
評分##對科技創新很有藉鑒價值的。直覺生物學會是我下一塊骨頭。
評分##kindle. 聖塔菲係列。迅速刷過。最底層的邏輯是簡潔且標準化的，比如計算機語言中的0和1，比如ATP和能量利用、新陳代謝。 但是在需要解決問題的時候，條條大路通羅馬（復雜網絡的魯棒性、冗餘的重要性）。所以解決同一個問題，會有多次不同的起源，不同的路徑來解決同一個問題。這些路徑之間並不互相替代，而是有可能作為彼此的plan b.
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