前 言 世界够大，时间够多
01达尔文进化论的局限
达尔文进化论的局限在于，它无法解释遗传现象。生命起源于何处？更好、更强的适者从何而来？大自然如何无中生有，如何创新？达尔文的进化论是人类历史上杰出的学术成就，但生物进化的秘密远不是达尔文进化论所能穷尽的。生物学在20世纪发生了翻天覆地的变化，现代技术得以带领我们探索生命进化的动力和起源。
02新性状的起源
新性状的出现有赖于新的分子和合成这些新分子的化学反应的存在。生命以及生命背后驱动新性状出现的动力并不是神秘莫测的东西，这种动力本身和生命一样古老。我们还不知道生命到底是如何从最简单的形式进化出了如此高的复杂性，但我们知道，生命的开端不是一个自我复制的分子，而是一张新陈代谢的网络。
03宇宙图书馆
一种生物所具有的全部生化反应构成了这种生物的新陈代谢。新陈代谢进化的本质在于重新组合。生命时刻在尝试每一种可能的基因新组合，重新解读，重新编译，然后重新布局代谢遗传，毫不停歇，从而造就并提升着代谢的多样性。新的代谢能力是不断驱动生命拓展最前沿阵地的引擎。
04构型之美
蛋白质是生命的驱动者。每种蛋白质的构型都高度复杂，与它们执行的功能相适应。蛋白质的构型维持着生命世界的运转。大自然可以用蛋白质书写不同的文本，更多的文本就意味着更多的构型，参与更多的催化反应，执行更多的功能和完成更多的任务。
05命令与操控
无论多复杂的生物，它的形态和功能都受到调节因子的控制。调节因子占据着某个基因相邻的一小段DNA，一旦它们遇上特定的DNA序列，就会与之结合。调节因子与相应的DNA需要在形态上互补。有些基因表达能被调节因子抑制，有些基因则需要它们激活。调节因子指导着所有生物的发育。调节因子之间相互调控，形成了复杂的网络。
06神秘的建筑师
多变的环境催生了生物的复杂性，而复杂性促成了发育稳态，发育稳态继而造就了基因型网络，后者让进化成为可能，使得生物能够通过演变适应环境的变化、提高自身的复杂性，循环往复，生物进化通过这种方式螺旋上升。这种进化方式的核心在于处在多维空间的基因型网络的自组织性。自组织性是生命绚烂光彩背后的支持者，它是隐藏的生命建筑师。
07从大自然到工程技术
自然进化和技术创新有诸多共同之处，促进自然进化的基因型网络在人类技术进步中同样存在。与自然界类似，科研人员也总是行进在各自领域的最前线，他们依赖不断的试错、
人海战术、多起源策略和组合优化，模仿自然的创造能力，实现技术突破和创新。技术发明的精简主义和高雅主义，深深隐藏在现实世界的背后。
后 记 柏拉图的洞穴
译者后记
· · · · · · (收起)
具体描述
“生命科学书系”之一。这是一本关于进化论的书。达尔文的自然选择理论能很好地解释了适者是如何经过漫长的时间保留了下来，但是无法解释适者究竟是怎么到来的。仅仅历经38亿年的随机突变，能解释翅膀、眼球是怎么来的吗？如果答案是“否”的话，该如何解释进化的速度与效率呢？《适者的到来》这本书，就是作者15年的研究成果，补上了达尔文理论缺失的部分，揭开了生命多样性的奥秘。
用户评价
##kindle. 圣塔菲系列。迅速刷过。最底层的逻辑是简洁且标准化的，比如计算机语言中的0和1，比如ATP和能量利用、新陈代谢。 但是在需要解决问题的时候，条条大路通罗马（复杂网络的鲁棒性、冗余的重要性）。所以解决同一个问题，会有多次不同的起源，不同的路径来解决同一个问题。这些路径之间并不互相替代，而是有可能作为彼此的plan b.
评分##作者用数学的方法结合达尔文的进化论研究生物进化，他认为一旦生命的基本原材料到位，生命就会在自组织性下配合自然选择自我进化，不管是基因、蛋白质、还是对蛋白质的调控机制，用数学的方法对它们进行分析，就会发现它们本身都蕴含着庞大的信息，而生命的进化无非是在这个超宇宙级别的图书馆里寻找着更能让自己生存下去的道路，这个过程充满了残酷的淘汰，最终造就了能继续生存的适者，从这个意义上讲，人类还远不是这张生存大网的终点，我们不过是暂时的领先者。
评分##作者用数学的方法结合达尔文的进化论研究生物进化，他认为一旦生命的基本原材料到位，生命就会在自组织性下配合自然选择自我进化，不管是基因、蛋白质、还是对蛋白质的调控机制，用数学的方法对它们进行分析，就会发现它们本身都蕴含着庞大的信息，而生命的进化无非是在这个超宇宙级别的图书馆里寻找着更能让自己生存下去的道路，这个过程充满了残酷的淘汰，最终造就了能继续生存的适者，从这个意义上讲，人类还远不是这张生存大网的终点，我们不过是暂时的领先者。
评分##数学，进化，哲学，总之是个有趣的书。
评分##生物的进化并不是我们想象的那样完全随机变异，再交由自然选择进行剪裁。变异也会遵循一定的规则，而代谢方式绝对是这些规则集合的重中之重。如果将DNA看做数千维度的信息存储图书馆，地球上的生灵还远远没有探索穷尽这个图书馆的所有角落
评分##结构上跟达尔文黑匣子正好相反，这本上来先下结论（很委婉，只是说达尔文进化论没法解释物种起源），后面每章都通过对微观的细胞生化作用来反驳进化论（进化论到微观世界就解释不了）。这书刚开始时那些类比还是挺有意思的，但是后面每介绍个工作状况、实验设计都要把同事搬出来然后赞美一番，有些奇怪；另外就是这本没有达尔文的黑匣子写的那么深刻，没有揭示反驳进化论带来的深层次意义（感觉到作者小心谨慎，毕竟现在进化论是主流）
评分##从基因型到表现型是基因组成的环境表现在生物体上是什么样子的，很多看似没用的基因可能在未来通过变异增加或减少了一个生物的适合度，这是创新的一种方法。 多变的环境塑造了发育稳态，发育稳态塑造了基因多样性，基因多样性缔造的基因网络为物种分流提供了可能性（环境-选择适者-物种），遗传和变异对一个生物的适应力可以造成影响，适合环境者就是现在的样子。适合环境者本身也是环境的一部分。 发育稳态（robustness）。发育稳态指面对外界环境时生物体保持自身特征稳定的能力。 《复杂生命的起源》《生命的跃升》《基因社会》
评分##你必须有随时失败的觉悟。你费尽心力，提出许多不同的想法，然后努力求证，但是结果往往会发现它们都行不通。在偶然发现一个可行的办法之前，你要不断重复这个过程
评分###2021/114 这书写这么好，分咋这么低。 大意就这一段话: 多变的环境催生了生物的复杂性，而复杂性促成了发育稳态(Robustness)，发育稳态继而造就了基因型网络，而基因型网络的存在让进化成为可能，使得生物能够通过演变适应环境的变化、提高自身的复杂性，循环往复，生物进化通过这种方式螺旋上升。 这种探索作者从基本元素标准化，又由海量排列组合方式的基础代谢反应，蛋白质，转录调控因子三个层面解读了新性状如何产生。 而这种进化方式的核心在于处在多维空间的基因型网络的自组织性。自组织性是生命绚烂光彩背后的支持者，它是隐藏的生命建筑师。 而技术具有生物进化同样的特征，用集成电路举例。 举了大量详尽的例子，用图书馆和社区做类比。很好????????
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