高等学校化学实验教材:分子模拟实验

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王宝山,侯华 著,武汉大学 编
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出版社: 高等教育出版社
ISBN:9787040303476
版次:1
商品编码:10336866
包装:平装
开本:16开
出版时间:2010-09-01
页数:135
正文语种:中文

具体描述

内容简介

   《分子模拟实验》共分三部分。第一部分简要总结了量子化学及经典分子力学的基础理论知识;第二部分详细介绍了chem3D的使用方法与技巧,以供学生随时查阅;第三部分设计了六个具有代表性的典型实验与一个综合实验,每个实验后均有相应的练习题,以巩固所学知识。
《分子模拟实验》可作为综合性大学和高等师范院校化学类专业结构化学课程的配套实验教材。

目录

绪论
第一部分 基本理论及计算方法简介
第一章 量子力学方法
1.1 Hartree-Fock与Hartree-Fock-Roothaan方程
Schrodinger方程
Born-Oppenheimer近似
Hartree近似及自洽场方法
原子轨道的线性组合(1inear combination of atomic orbitals,LCAO)近似
Hartree-Fock近似及Roothaan-Hall方程
1.2 电子相关模型(post Hartree-Fock理论)
组态相互作用(configuration interaction,cI)模型
微扰理论
1.3 密度泛函理论
1.4 基组
原子轨道的线性组合(LCAO)
Slater类型轨道(slater-type orbitals,STO )基组
Gaussian类型轨道(Gaussian-type orbitals,GTO)基组
收缩基组(STO-nG基组)
分裂价基组
1.5 半经验方法
全略微分重叠(CNDO,complect neglect of differential overlap)
间略微分重叠(INDO,intermediate neglect of differential overlap)
忽略双电子微分重叠(NDDO,neglect of diatomic differential overlap)
EHMO(扩展的Huckel分子轨道方法)和PPP(Pafiser-Parr-People)方法
1.6 分子等值面图及性质图
等值面图
分子轨道(molecular orbitals)图
电子密度(electron density)图
电子自旋密度(electron spin density)图
静电势(electrostatic potential)图
电子密度映射图
静电势映射图
分子轨道映射图

第二章 分子力学方法
2.1 势能函数形式
伸缩势(EstrechA),弯曲势(EbendA)
扭转势(Etorsion)
非键相互作用势(Enon-bonded)
2.2 力场参数
2.3 原子类型、化学键类型
2.4 常见力场类型

第三章 分子动力学模拟
3.1 分子动力学模拟的基本流程
3.2 分子动力学模拟运动方程的求解
运动方程
势能函数y(rn)
运动方程的积分算法
初始化条件
3.3 统计系综
NVE系综(微正则系综)
NVT系综(正则系综)
NPT系综(恒温恒压系综)
NPH系综(恒焓恒压系综)
3.4 结果分析
3.5 周期性边界条件

第四章 分子构型优化及溶剂化模型
4.1 分子构型优化
势能面
构型优化
4.2 溶剂化效应
显式溶剂化模型
隐式溶剂化模型
参考文献

第二部分 chem3D软件简介
第五章 Cllem3D软件设置
1.打开菜单“File→Preferences”,进行设置
2.打开菜单“File→Model Settings”进行设置
3.视窗(view)菜单的设置
4.工具栏(toolbars)的设置
5.关闭Chem3D-

第六章 Chem3D软件详解
1.菜单和工具栏区
2.文件菜单部分
3.编辑
4.视窗
5.结构
6.计算模块
7.分子面模块
8.工具栏
9.Chem3D支持的文件格式
10.振动模式

第三部分 实验内容
第七章 分子结构模型创建和优化计算
7.1 建模的三种方式
1.分子式输入直接建模法
2.化学键建模法
3.利用ChemDraw二维平面图建模
4.其他建模方式
7.2结构处理
1.加氢饱和价键
2.加电荷
7.3结构调整和优化
7.4分子结构的确定
1.原子类型的确认
2.分子结构的合理显示

第八章 分子轨道计算和分析
8.1 分子轨道等值面图
8.2 总电子密度图
8.3 静电势图
8.4 静电势、分子轨道对总电子密度的映射图
8.5 电子自旋密度图
8.6 溶剂面

第九章 势能面计算
9.1 分子的解离能量曲线
9.2 复杂分子之间的弱相互作用模拟
9.3 分子构象搜索
9.4 H3体系共线势能面的模拟

第十章 化学反应模拟
10.1 热力学参数的计算
10.2 优化搜索过渡态
1.过渡态猜测和优化
2.过渡态的确认
3.氢抽提反应
10.3溶剂化效应

第十一章 分子光谱模拟
11.1 红外光谱模拟
11.2 拉曼光谱模拟
11.3 紫外可见光谱模拟
11.4 核磁共振(NMR)谱模拟

第十二章 生物大分子模拟
12.1 蛋白质和DNA的立体结构
12.2 分子对接
12.3 分子动力学模拟

第十三章 综合实验
1.反应物和产物分子的电子结构
2.构象搜索与分子间长程相互作用
3.反应途径计算
4.光谱模拟
5.分子动力学模拟
附录
附录I 绘制三维图形
附录Ⅱ 非线性拟合
附录Ⅲ 红外光谱图模拟
书评一
书评二
书评三

精彩书摘

量子化学是一门以量子力学原理为基础的科学。虽然量子力学理论框架早在19世纪初就已经建立起来,但直到近百年后,量子力学才被大量应用于处理实际问题。这主要是归功于计算机技术的发展,将复杂的数学公式编制成计算机程序和软件,进行数值计算,从而获得可以与实验结果直接或间接相比较的结果。特别是近年来,随着计算机硬件计算速度的提高和量子化学计算软件的不断改进和完善,已经可以在普通微型计算机上完成小规模的量子化学模拟计算了。因此,计算化学正逐渐变成交叉学科,成为一种强有力的工具,在化学、生命科学、材料科学等方面发挥着重要的辅助作用。
针对化学问题的计算化学,因为其研究对象是化学意义上的分子或原子,所以通常被称为“分子模拟”。一般来说,分子模拟包括两大类,一类是量子力学(quantum mechanics)模型,简称QM模型;另一类是分子力学(molecular mechanics)模型,简称MM模型。两者的主要区别在于解决问题的出发点不同。

前言/序言

计算化学早已成为一套有效、有用、有利的化学研究手段。然而,作为化学专业本科生必修课的结构化学,仍然停留在公式与理论的课堂灌输层面。本实验教材就是为了解决这种不协调的教学局面而编写的。采用Chem3D应用软件,结合GAMESS、Mopac等量子化学计算程序与MM2分子动力学模拟程序,对化学热点科学问题进行计算模拟,培养学生的理论思维,激发学生的科研兴趣。
本实验教材内容丰富,不但包含了当前应用广泛的电子相关理论及密度泛函理论,而且涵盖了从小分子到生物大分子的化学体系;不但涉及分子几何结构的创建、电子结构分析、热力学参数计算、光谱模拟(红外、紫外、拉曼、核磁)等常规计算,而且包括分子一分子之间的相互作用、化学反应动力学(中间体、过渡态、活化能)、分子动力学模拟等热点问题。
本教材共分三个部分。第一部分简要总结了量子化学及经典分子力学的基础理论知识;第二部分详细介绍了Chem3D的使用方法与技巧,以供学生随时查阅;第三部分设计了六个具有代表性的典型实验与一个综合实验,每个实验后均有相应的练习题,以巩固所学知识。
本书由武汉大学化学与分子科学学院王宝山和侯华共同编写。程功臻教授对分子模拟实验的开设以及本书的编写给予了大力支持与帮助,在此表示衷心的感谢!
本书承蒙中国科学院化学研究所研究员孔繁敖教授,山东大学刘成卜教授以及华东师范大学、纽约大学张增辉教授审阅。三位教授提出许多宝贵的建设性修改意见,在此致以诚挚的谢意!
高等教育出版社鲍浩波编辑对书稿提出了许多建设性的修改意见,对本书的出版给予了自始至终的关心与支持,在此致以诚挚的谢意!
限于编者的水平,本书难免存在不少纰漏,恳请读者批评指正!
《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》并非一本提供具体化学实验操作指南的教材,它所聚焦的,是化学研究与教学领域中一个日益重要的工具——分子模拟技术。本书并非涵盖从基础滴定到复杂光谱分析等各类传统化学实验步骤,而是致力于为读者构建一个理解和运用计算机模拟方法解决化学问题的理论框架与实践导引。 本书的核心内容在于揭示分子模拟技术如何作为一种强大的辅助手段,深刻影响着我们理解化学反应机理、预测物质性质、设计新材料以及探索生命过程。它并非指导你如何在实验室里滴加试剂,而是教会你如何利用虚拟的“分子世界”,通过精确的计算和分析,来探究肉眼不可见、传统实验难以直接观测的微观层面。 在内容结构上,本书将首先深入浅出地介绍分子模拟的基本概念和原理。这部分内容将避免陷入过于艰深的数学推导,而是侧重于让读者理解分子模拟的哲学思想和逻辑基础。我们将探讨为何需要分子模拟,它在化学研究中的地位和价值,以及它与传统实验方法之间的互补关系。接着,本书会系统地阐述几种主流的分子模拟方法,包括但不限于: 从头算方法(Ab initio Methods):这一章节将介绍基于量子力学原理,不依赖于经验参数的计算方法,例如 Hartree-Fock (HF)、密度泛函理论 (DFT) 等。我们会解释这些方法如何通过求解薛定谔方程来精确描述分子的电子结构,从而预测其能量、几何构型、光谱性质以及反应活性。本书将重点阐述不同从头算方法的适用范围、优缺点以及在实际应用中的注意事项。 介观模拟方法(Mesoscopic Simulation Methods):在介绍完微观尺度上的精确计算后,本书将进一步引入能够描述更大体系和更长时间尺度的模拟技术,如分子动力学 (MD) 和蒙特卡洛 (MC) 方法。我们将详细讲解这些方法的核心思想,例如如何模拟分子在三维空间中的运动轨迹,如何计算其能量,以及如何通过统计力学方法获得宏观性质。这部分内容将为读者理解液体、聚合物、生物大分子等体系的行为提供重要的理论支撑。 特定模拟技术的深入探讨:本书还将针对一些在特定化学领域应用广泛的分子模拟技术进行深入介绍,例如: 量子化学计算:聚焦于使用量子化学方法计算分子的电子性质、反应路径、过渡态等,为理解化学反应机理提供关键信息。 分子动力学模拟:重点讲解如何模拟分子的时空演化,用于研究材料的动态行为、蛋白质折叠、溶剂效应等。 蒙特卡洛模拟:介绍如何利用随机抽样方法探索分子体系的构象空间,用于计算热力学性质、相变等。 除了理论介绍,本书还将花费相当篇幅来讲解分子模拟的实际操作流程和相关软件的应用。这部分内容将侧重于培养读者的动手能力和解决问题的能力,而非罗列枯燥的命令。我们会介绍当前主流的分子模拟软件,如 Gaussian, VASP, LAMMPS, GROMACS 等,并提供一系列具有代表性的案例分析。这些案例将覆盖化学的多个分支,例如: 有机化学:利用分子模拟研究反应机理,预测反应产物,设计催化剂。例如,模拟烯烃的加成反应,探索自由基的形成和转化过程。 无机化学:计算金属配合物的电子结构和光谱性质,研究配位化学中的配体效应和金属中心活性。例如,模拟过渡金属催化剂的活性位点,预测其催化性能。 物理化学:模拟溶液的结构和动力学,研究溶质-溶剂相互作用,计算相平衡和相变行为。例如,模拟水分子在不同离子环境下的行为,解释电解质溶液的性质。 材料科学:预测材料的力学性能、热学性质、电子性质,设计新型功能材料。例如,模拟聚合物的链段运动,预测其玻璃化转变温度;模拟纳米材料的表面性质,研究其在催化或吸附中的应用。 生物化学:模拟蛋白质的折叠和构象变化,研究酶-底物相互作用,探索药物与靶点的结合机制。例如,模拟药物分子与蛋白质受体的结合过程,评估其亲和力。 本书的另一重要特色在于,它将强调如何解读和评估分子模拟的结果。仅仅进行计算是不够的,更重要的是能够理解计算结果的物理意义,识别计算中的误差来源,并对模拟结果进行合理的验证和讨论。我们将提供指导,帮助读者如何将模拟结果与实验数据进行对比,如何根据模拟结果提出新的实验假说,以及如何批判性地看待分子模拟的局限性。 此外,本书还会涉及与分子模拟相关的数据处理与可视化技术。我们将介绍如何利用专业的软件工具对模拟产生的海量数据进行分析、提取关键信息,并将其转化为直观易懂的图表和模型,从而更好地展示和交流研究成果。 最后,本书并非一部“学会了就能做出精确结果”的速成手册,而是希望引导读者建立起一种计算思维,培养其独立运用分子模拟工具解决化学问题的能力。它将成为您探索微观化学世界,理解复杂化学现象,乃至引领未来化学研究方向的强大助力。本书致力于为化学专业的学生和研究人员提供一个坚实的理论基础和实用的实践指导,使他们能够更好地掌握和应用分子模拟这一现代化学研究的必备工具。

用户评价

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读完《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》的导论部分,我深感这是一本极具前瞻性和实践指导意义的教材。作为一名正在攻读化学博士的学生,我深知在现代化学研究中,分子模拟已经不再是可有可无的辅助手段,而是深入理解化学现象、指导实验设计、预测新材料和新反应的关键工具。这本书在开篇就清晰地阐述了分子模拟的理论基础,如量子力学方法和经典力学方法的区别与联系,并对几种主要的模拟算法(如DFT、MD、MC)进行了简要介绍,为读者建立了一个初步的知识框架。我尤其欣赏书中对“分子模拟实验”与“传统化学实验”关系的论述。作者强调,分子模拟并非要取代传统实验,而是要与之协同互补,通过模拟来解释实验现象,指导实验设计,从而提高实验的效率和成功率。书中对一些经典的分子模拟实验案例进行了预告,例如模拟化学反应机理、预测分子光谱性质、研究分子在界面上的吸附行为等。这些案例的选材都非常贴近当前的研究热点,并且具有一定的挑战性,足以激发学生的学习兴趣和科研热情。总而言之,这本书为我打开了一扇新的窗口,让我看到了分子模拟在教育和科研中的巨大潜力。

评分

作为一名在化学领域探索多年的科研工作者,我一直关注着计算化学的发展及其在实验教学中的应用。当我看到《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》这本书时,我感到非常惊喜。这本书的编写理念和内容深度,远远超出了我预期的“教材”范畴。它以一种非常前瞻性的视角,将理论与实践紧密结合,为高等化学教育提供了一个全新的维度。书中对不同类型的分子模拟实验进行了详尽的介绍,涵盖了从简单的能量计算到复杂的动态过程模拟。我尤其欣赏书中对每一个实验的“前置理论”部分的精心设计。例如,在进行蛋白质折叠模拟的章节,作者不仅讲解了蛋白质的基本结构和功能,还深入阐述了折叠过程中熵变、焓变的作用,以及常用的模型(如Levinthal悖论)和算法(如马尔可夫链蒙特卡洛)的原理。这种严谨的学术态度,使得学生在进行实验操作的同时,能够深刻理解其背后的科学原理。此外,书中对如何选择合适的力场、如何设置模拟参数、如何分析模拟结果等关键技术问题,都进行了细致的讲解。这对于初学者来说,无疑是极大的帮助。书中还引入了许多具有现实意义的案例,比如药物设计、材料性能预测等,让学生能够看到分子模拟在解决实际问题中的巨大潜力。这本书的出版,无疑将极大地推动我国高等化学实验教学的现代化进程。

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对于一名对计算化学领域充满憧憬的学生来说,《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》无疑是一本引人入胜的读物。这本书最打动我的地方在于,它将抽象的理论概念,通过具象化的实验案例,呈现在读者面前。书中对分子模拟的起源、发展以及在现代化学研究中的地位的阐述,让我对这个领域有了更宏观的认识。我尤其欣赏作者在讲解具体的模拟方法时,所采用的由浅入深的策略。例如,在介绍量子化学计算时,书中首先从原子轨道、分子轨道等基本概念入手,然后逐步引入了哈特里-福克方法、密度泛函理论等更高级的计算方法,并且详细解释了它们的数学基础和适用范围。这种循序渐进的讲解方式,使得我能够逐步建立起对量子化学计算的理解。而在实验操作方面,书中提供了非常详细的软件使用指南,并且配有大量的图示,使得初学者也能够轻松上手。我尤其喜欢书中对实验结果的分析部分的指导。它不仅教导我们如何提取数据,还教导我们如何对数据进行可视化处理,如何解读模拟结果的含义,以及如何将模拟结果与实验结果进行对比验证。这对于培养学生的批判性思维和科研能力至关重要。这本书让我看到了分子模拟实验的强大之处,也让我对未来的化学学习充满了信心。

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我是一名对化学实验充满热情但又有些畏惧复杂操作的学生,拿到《高等学校化学实验教材:分子模拟教材:分子模拟实验》这本书,我感觉找到了救星。我一直觉得传统的化学实验,虽然能看到现象,但很多时候对于微观的分子层面的变化,我还是缺乏一个直观的认识。《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》恰好弥补了这一点。这本书的结构非常清晰,从一开始就介绍了分子模拟实验的理念,即“在电脑里做实验”。这对我来说是一个全新的概念,让我感到非常好奇。它并没有直接跳到枯燥的代码或者软件操作,而是先用非常形象的比喻解释了分子模拟是如何模拟原子和分子之间的相互作用,以及如何预测物质的性质。我尤其喜欢书中关于“虚拟实验”的部分,它告诉我,通过计算机,我们可以“看到”化学键的形成和断裂,可以看到分子如何在溶液中运动,可以看到蛋白质是如何折叠的。这比在试管里看着颜色变化要有趣得多,也深刻得多。而且,书中还强调了分子模拟实验的安全性和环保性,这一点也很重要。对于我这种担心实验过程中可能产生的危险性或者污染的学生来说,这无疑是一个很大的吸引力。我迫不及待地想开始学习里面的实验,相信这本书会让我对化学有更深入、更形象的理解。

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这本书《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》的结构安排和内容深度,都让我感到眼前一亮。我之前接触过一些计算化学的入门资料,但总感觉它们要么太理论化,要么太偏重于具体的软件操作。《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》在这方面做得非常好,它在理论讲解和实际操作之间找到了一个绝佳的平衡点。书中对分子模拟的原理讲解非常细致,例如,在介绍蒙特卡洛方法时,作者不仅阐述了 Metropolis 准则,还解释了如何通过随机行走来探索构象空间,以及如何计算体系的平均性质。这些理论基础的讲解,对于理解后续的实验操作非常有帮助。而当进入实验部分时,作者又提供了非常清晰的操作步骤和示例。我特别喜欢书中对“实验设计”的强调。它不是简单地告诉学生“怎么做”,而是引导学生思考“为什么这么做”,例如,在模拟一个化学反应时,书中会引导学生思考如何选择合适的起始构型,如何设置合理的终止条件,以及如何分析反应路径上的能量极小点。这种启发式的教学方式,能够极大地提升学生的科学思维能力。此外,书中还包含了一些案例分析,展示了分子模拟在解决实际化学问题中的应用,这对于激发学生的学习兴趣和科研志向非常有益。

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作为一名化学专业的老师,我一直致力于寻找能够真正提升学生化学理解能力和实验技能的教学资源。《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》的出现,无疑让我眼前一亮。这本书的价值在于它成功地将理论学习与实验操作有机地结合起来,并且将前沿的分子模拟技术引入到基础的化学实验教学中。我仔细研读了教材的前几章,对书中对分子模拟基本概念的阐述印象深刻。它没有仅仅停留在对软件操作的指导,而是深入浅出地解释了各种模拟方法的原理,例如,在介绍分子动力学模拟时,书中不仅讲解了牛顿运动方程,还详细阐述了数值积分方法、时间步长的选择以及周期性边界条件的应用。这些对于学生理解模拟过程至关重要。书中还为学生提供了清晰的软件使用指导,并且对常用的软件(如LAMMPS, GROMACS, Gaussian等)进行了介绍。我尤其赞赏的是,书中为每一个实验都设定了明确的学习目标,并且提供了详细的步骤指导和结果分析方法。例如,在关于模拟溶液中离子扩散的实验中,书中不仅要求学生模拟出离子的运动轨迹,还要求学生计算扩散系数,并与理论值进行对比分析。这能够有效地培养学生的科学思维和数据分析能力。这本书的出现,必将为高校化学实验教学带来革新。

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拿到《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》这本书,我脑海中首先浮现的是“前沿”和“科技感”。封面设计就透露着一股现代化学研究的氛围。我一直觉得,化学实验最迷人的地方在于能够看到微观世界的运作。然而,很多传统的化学实验,受限于仪器设备和观察手段,很难真正“看到”分子层面的变化。《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》正好解决了这个问题。它不仅仅是一本实验书,更像是一本“微观化学世界的指南”。书中的介绍让我了解到,通过计算机,我们可以“模拟”出原子和分子如何相互作用,如何形成新的化学键,如何改变它们的排列方式。这简直太酷了!我尤其喜欢书中关于“可视化”的强调。它不只是给出数据,更会教你如何将模拟的结果“看”出来,比如绘制分子轨迹、分析能量变化图等。这让我觉得,化学不再是冰冷的数字和公式,而是生动有趣的动态过程。书中还提到了很多实际应用,比如模拟新材料的性能、预测药物分子的活性等等。这让我觉得,学习这些模拟实验,不仅仅是为了考试,更是为了未来能够参与到真正的科学研究中,解决现实世界的问题。我迫不及待地想要进入具体的实验章节,去探索那个神奇的微观世界。

评分

这本书的封面设计就透着一股严谨和专业的气息,深蓝色的背景搭配银白色的字体,以及那个抽象的分子结构图,一下子就抓住了我的眼球。作为一名化学专业的学生,我对实验课程一直有着复杂的情感,既期待动手操作带来的直观理解,又害怕繁琐的步骤和潜在的危险。拿到这本《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》后,我最先关注的就是它与传统实验的区别。书中开篇就清晰地阐述了分子模拟实验的原理、优势以及它在现代化学研究中的重要地位,这一点我非常赞赏。作者并没有直接跳入实验操作,而是花了相当篇幅讲解了分子模拟的理论基础,例如分子动力学模拟、蒙特卡洛方法等。这对于我这种对理论知识有一定追求的学生来说,简直是福音。很多时候,我们做实验只是被动地跟随步骤,对背后的原理知之甚少,而这本书的引入部分,用通俗易懂的语言,结合清晰的图示,将复杂的概念一层层剖析开来,让我仿佛看到了一个全新的化学世界。我尤其对其中关于“计算化学”与“实验化学”融合的部分印象深刻,它解释了分子模拟如何能够弥补传统实验的不足,比如在研究高能、极端条件下的反应,或者探索难以合成的中间体时,分子模拟都能提供宝贵的视角。而且,书中还强调了分子模拟实验的可重复性和客观性,这一点在科学研究中至关重要。虽然我还没有深入到具体的实验章节,但仅仅是前言和导论部分,就已经让我对这本书充满了期待,感觉它不仅仅是一本实验教材,更是一扇通往前沿科学的大门。

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《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》这本书,让我感受到了科学的魅力与科技的进步。我一直对化学实验抱有浓厚的兴趣,但传统的实验往往受限于时间和空间,很多微观的化学过程难以直观地观察和理解。这本书的出现,彻底颠覆了我的认知。它让我明白,借助计算机的强大计算能力,我们可以在虚拟世界中“亲历”化学反应的全过程,观察分子是如何相互碰撞、结合、断裂。书中对分子模拟的基本概念,例如“力场”、“能量最小化”、“分子动力学”等,都有非常清晰且易于理解的解释。我尤其喜欢书中对“可视化”的强调。它不仅仅是提供一堆数据,而是教会我们如何将这些数据转化为生动的图像,让我们能够“看到”分子的运动轨迹、“看到”化学键的形成和断裂。这种直观的呈现方式,极大地加深了我对化学原理的理解。书中还介绍了很多经典的分子模拟实验,例如模拟离子在溶液中的扩散,模拟蛋白质的折叠过程,模拟催化剂表面的吸附反应等。这些实验不仅具有科学研究的价值,也能够激发我们学习的兴趣。我感觉,这本书不仅仅是一本教材,更像是一扇通往化学前沿的窗口,让我看到了无限的可能性。

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我是一名对计算化学充满好奇的化学系大三学生,在众多实验教材中,《高等学校化学实验教材:分子模拟实验》给我留下了极其深刻的印象。这本书最吸引我的地方在于它对分子模拟实验的系统性介绍。不同于许多只侧重操作步骤的教材,这本书在每个实验项目开始前,都会详细阐述该实验所要模拟的化学体系的背景、研究意义以及相关的理论知识。例如,在介绍溶质-溶剂相互作用的模拟实验时,作者不仅解释了什么是溶质和溶剂,还深入探讨了它们之间范德华力、静电力等作用力的性质,以及这些相互作用如何影响物质的溶解度和反应活性。书中使用的语言严谨而不失清晰,对于一些概念性的内容,作者会辅以生动的类比和形象化的图表,使得原本抽象的理论变得易于理解。我特别喜欢的是书中对不同模拟算法的介绍,比如能量最小化、分子动力学模拟和蒙特卡洛方法,它们各自的应用场景和优缺点都被梳理得非常清楚。这让我明白,选择合适的模拟方法对于获得可靠的结果至关重要。此外,书中还对实验数据的分析方法进行了详细的指导,包括如何进行均值、方差计算,如何绘制势能面图,如何分析构象变化等,这些都是独立完成分子模拟实验所必需的技能。这本书让我感觉到,它是在真正地教我如何“理解”分子模拟,而不是仅仅“操作”它。

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原子轨道的线性组合

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Schrodinger方程

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刚做计算的朋友可以参考,有一定价值。

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定位分子模拟的入门教程,讲解不是很细致,以使用软件为主。

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《分子模拟实验》共分三部分。第一部分简要总结了量子化学及经典分子力学的基础理论知识;第二部分详细介绍了chem3D的使用方法与技巧,以供学生随时查阅;第三部分设计了六个具有代表性的典型实验与一个综合实验,每个实验后均有相应的练习题,以巩固所学知识。

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习惯用瓶瓶罐罐做实验的,可以看看,了解如何通过计算模拟实验获得分子的结构性能

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不错的东西。

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量子化学是一门以量子力学原理为基础的科学。虽然量子力学理论框架早在19世纪初就已经建立起来,但直到近百年后,量子力学才被大量应用于处理实际问题。这主要是归功于计算机技术的发展,将复杂的数学公式编制成计算机程序和软件,进行数值计算,从而获得可以与实验结果直接或间接相比较的结果。特别是近年来,随着计算机硬件计算速度的提高和量子化学计算软件的不断改进和完善,已经可以在普通微型计算机上完成小规模的量子化学模拟计算了。因此,计算化学正逐渐变成交叉学科,成为一种强有力的工具,在化学、生命科学、材料科学等方面发挥着重要的辅助作用。

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《分子模拟实验》共分三部分。第一部分简要总结了量子化学及经典分子力学的基础理论知识;第二部分详细介绍了chem3D的使用方法与技巧,以供学生随时查阅;第三部分设计了六个具有代表性的典型实验与一个综合实验,每个实验后均有相应的练习题,以巩固所学知识。

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