編輯推薦
係統總結國際、國內的主要理論和研究成果,配套提供大量的數據分析和應用實例。深刻闡明動物群體遺傳學所涉及的遺傳學、數理統計學、進化論原理等內容,全麵提供動物遺傳資源評價所涉及的群體遺傳學理論及分析方法。
中睏科學院吳常信院士提筆作序,認為“本書是迄今為止國內為全麵的介紹動物群體遺傳學方麵的教材和專著”。
內容簡介
《現代動物群體遺傳學》共計十二個部分:導論部分介紹群體遺傳學的內涵、發展狀況等,第一章介紹自然突變率,第二章介紹Hardy-Weinberg平衡定律應用,第三章介紹基因頻率的定嚮變化,第四章介紹基因頻率的隨機變化,第五章介紹基因頻率分布與進化過程,第六章介紹群體中的遺傳變異,第七章介紹群體結構與係統分化,第八章介紹係統分類,第九章介紹DNA與氨基酸序列的遺傳演變,第十章介紹分子進化與“分子進化鍾”,第十一章介紹動物遺傳資源保種方案的製訂。全書係統地總結瞭國際、國內這一研究領域的主要理論和研究成果,並與之配套提供瞭大量的數據分析和應用實例。
動物群體遺傳學作為從事動物遺傳資源研究的基礎理論知識以及相關軟件的理論基礎,將提供更為全麵的遺傳資源評價的理論和方法,為從事動物遺傳相關研究的人士拓展視野,從而推動我國動物遺傳資源事業和當代動物遺傳資源科學的進一步發展。
《現代動物群體遺傳學》可作為高等農林院校、師範院校生物類專業研究生及高年級本科生和其他院校相關專業研究生的教材,也可供生物類專業教師及從事遺傳多樣性研究的科技工作者參考。
內頁插圖
目錄
序前言導論一、群體遺傳學的內涵(一)基本概念(二)基本特性二、群體遺傳學的發展(一)産生群體遺傳學的理論前提(二)群體遺傳學奠基與形成(三)當代群體遺傳學的發展三、群體遺傳學在遺傳學中的地位與意義第一章 自然突變率一、自然突變率的直接測定(一)常染色體座位(二)性染色體座位二、自然突變率的間接估計(一)顯性基因(二)隱性伴性基因(三)常染色體隱性基因三、蛋白質基因的自然演變率(一)直接測定法(二)蛋白質座位突變率的間接估計第二章 Hardy-Weinberg平衡定律應用一、Hardy-Weinberg定律的內涵二、Hardy-Weinberg平衡的若乾性質三、斯奈德比值四、母子組閤頻率五、伴性基因的Hardy-Weinberg平衡(一)伴性基因頻率分布的理論分析(二)對理論的檢驗第三章 基因頻率的定嚮變化一、頻發突變(一)不存在迴原(反突變)的頻發突變(二)存在迴原的頻發突變二、遷移三、淘汰(一)淘汰部分隱性類型(二)淘汰全部隱}生類型(三)淘汰部分隱性類型和部分雜閤子(四)涉及超顯性的淘汰(五)關於淘汰的小結四、多因素的閤並效應第四章 基因頻率的隨機變化一、遺傳漂變的度量和性質(一)遺傳漂變(二)群體有效規模(三)近交增量(近交率)(四)有限群體遺傳變異消失的速度二、始祖效應和瓶頸效應(一)含義(二)始祖效應和瓶頸效應對傢畜種群的影響第五章 基因頻率分布與進化過程一、基因頻率的分布函數二、適應進化(一)Wright的“適應峰”學說(二)適應進化論的基本主張(三)適應進化的可能方式(四)適應進化的具體演變情況三、分子進化(一)關於蛋白質分子進化速度的研究成果(二)各種生物蛋白質電泳分析揭示的大量多型現象四、關於中立說一淘汰說爭論的新進展第六章 群體中的遺傳變異一、遺傳多型的一般概念與保持機製(一)一般概念(二)有關例證統計(三)遺傳多型形成的概率分析(四)保持群體遺傳多型狀態的遺傳學機製二、群體遺傳變異的分析(一)若乾基本概念(二)群體遺傳多樣性的度量方法(三)群體內孟德爾性狀錶型變異的鑒彆三、遺傳負荷(一)概念(二)遺傳負荷的一般度量方法(三)遺傳負荷的性質(四)遺傳負荷的起因(五)分離負荷度量四、DNA多型的含義及度量(一)DNA多型的含義(二)度量方法五、遺傳多型的進化意義(一)遺傳多型研究對進化理論發展的貢獻(二)DNA多型水平相對更高的遺傳學基礎和有關應用問題第七章 群體結構與係統分化一、群體結構模型(一)平麵上連續分布模型(二)島嶼模型(三)2級踏腳石模型二、遺傳分化的度量(一)近交度的分解(二)分化指數第八章 係統分類一、遺傳檢測的抽樣方法(一)幾種抽樣方法(二)樣本規模的影響(三)不同抽樣方法的比較(四)關於抽樣的實施二、分類依據(一)各種遺傳標記的作用(二)群體間相似性度量的基本數學根據三、分類方法(一)經典聚類分析(二)模糊聚類分析(三)主成分分析——多種標記的減元並用(四)判彆分析第九章 DNA與氨基酸序列的遺傳演變一、DNA序列的遺傳演變(一)突變(二)基因錶達過程中密碼子的使用頻率(三)兩個DNA序列間的核苷酸差異(四)核苷酸取代數的教學模型二、氨基酸序列的遺傳演變(一)兩個氨基酸序列間差異的度量(二)序列間差異度量值的蔔瓦鬆校正(三)對PC距離的討論_距離第十章 分子進化與“分子進化鍾”一、生物大分子進化的基本特點與有關學術爭論(一)DNA高分子進化機製的研究成果(二)分子進化“中立論”與“新達爾文主義”爭論二、“分子鍾”假說的意義和當前有關實驗證據一覽(一)“分子鍾”假說(二)實驗證據一覽三、分子進化相對速率檢驗方法(一)以統計學模型為基礎的檢驗(二)非參數檢驗(不依據統計模型的檢驗)(三)以係統發育檢驗“分子鍾”假設的方法簡介第十一章 動物遺傳資源保種方案的製訂一、動物遺傳資源保護的內涵二、群體遺傳多樣性保持的原理及保種方案的製訂參考文獻
前言/序言
近年來,遺傳學的研究發展非常迅速,其分支遍布瞭生物科學的各個領域,是現代生物科學的中心和引領學科。群體遺傳學最早起源於19世紀哈代-溫伯格平衡定律的産生,它作為遺傳學的一門重要分支學科,是研究生物群體的遺傳結構及其變化規律的科學。群體遺傳學通過應用數學和統計學的原理和方法探討瞭基因在群體中的傳遞和變化規律,以及影響這些變化的環境選擇效應、遺傳突變作用、遷移及遺傳漂變等因素與遺傳結構的關係,由此來探討生物進化的機製並為育種工作提供理論基礎。因此動物群體遺傳學在動物遺傳育種教學中具有十分重要的理論和實踐意義。
本書係統地介紹瞭國內外動物群體遺傳研究領域的主要理論和研究成果,在選材上十分注意結閤和引用國內外動物生産實踐中的例證,並與之配套瞭大量的數據分析和應用實例。在內容編排上按科學的發展順序從分子水平漸進到群體水平,即從微觀到宏觀的教學思路。動物遺傳資源是動物育種事業和養殖業持續發展的種質基礎,加強動物遺傳資源的保護不僅具有重要的社會經濟價值,而且具有重要的科學價值和曆史文化價值。因此,本書最後一章內容著重講述瞭動物遺傳資源的保種方案的製訂。全書配置瞭必要的圖錶,內容翔實,在文字上力求通俗易懂,重點明確。
動物群體遺傳學是從事動物遺傳資源研究的基礎理論知識以及相關軟件的理論基礎。在本書中,編者力求為讀者提供全麵的遺傳資源評價的理論和方法,為從事動物遺傳相關研究的人士拓展視野。本書既可以作為高等農林院校、師範院校生物類專業研究生及高年級本科生和其他院校相關專業研究生的教材,也可供生物類專業教師及從事遺傳多樣性研究的科技工作者參考。
承濛中國農業大學吳常信院士為本書做序並對有關章節內容提齣瞭寶貴建議,承濛西北農林科技大學陳宏教授對全文進行瞭認真、細緻的審閱,在此一並深錶謝意。同時感謝研究生高雯、於嘉瑞參與本書內容及文字的校對工作。
限於著者水平,書中難免存在缺點和疏漏,誠望讀者批評指正。
現代動物群體遺傳學導論:從分子到生態的視角 作者:[此處可添加虛構的作者姓名] 齣版社:[此處可添加虛構的齣版社名稱] ISBN:[此處可添加虛構的ISBN] --- 圖書簡介 本書旨在為高等院校本科生、研究生以及從事動物科學、生物多樣性保護、進化生物學和遺傳學研究的專業人士,提供一部全麵、深入且具有前瞻性的《現代動物群體遺傳學》基礎讀物。本書摒棄瞭對特定動物群體遺傳學理論的詳盡闡述,轉而聚焦於構建理解當代群體遺傳學研究範式所需的核心理論框架、關鍵方法論、數據分析技術以及新興的研究熱點。我們力求在保持學術嚴謹性的同時,確保內容的可讀性和應用性,使讀者能夠迅速掌握當前動物群體遺傳學領域的核心知識體係,並為其後續的深入研究打下堅實的基礎。 第一部分:群體遺傳學的理論基石與曆史演進 本部分將從最基本的群體遺傳學概念齣發,係統梳理支撐整個學科的理論支柱,同時審視學科發展的關鍵轉摺點,為讀者建立宏觀的知識圖景。 第一章:群體遺傳學的基本概念與數學模型 本章將詳細介紹群體遺傳學的核心術語,如等位基因頻率、基因型頻率、有效群體大小($N_e$)的定義與計算。重點闡述Hardy-Weinberg平衡定律及其在非理想群體(如存在交配選擇、遷移或有限群體大小)中的偏離情況。我們將深入探討Wright-Fisher模型和Kimura的零均值隨機漂變模型,解析在不同假設條件下,等位基因頻率如何隨時間隨機漂移,並介紹如何利用數學工具來量化漂變效應的強度。本章的重點在於建立對隨機過程在遺傳變異演化中作用的直觀理解,而非糾纏於復雜生物學背景下的特定動物案例。 第二章:驅動遺傳變異的四大力 群體遺傳學的核心驅動力是自然選擇、遺傳漂變、突變和遷移。本章將分彆剖析這四種力量的定量模型和作用機製。自然選擇部分,側重於選擇係數($s$)的定義、選擇模式(定嚮選擇、穩定化選擇、分散化選擇)的數學描述,以及如何用選擇模型預測等位基因頻率的變化軌跡。遺傳漂變已在第一章中引入,本章將補充其與選擇相互作用時的效應,特彆是弱選擇下漂變的主導地位。突變和遷移部分,將介紹突變速率的估計方法以及遷移率($m$)對群體間分化和基因流的影響的經典模型,例如Stebbins或Island Model。 第三章:群體結構的度量與推斷 理解群體內部和群體之間的變異分布是群體遺傳學的關鍵任務。本章不關注特定物種的結構,而是聚焦於結構度量指標的理論基礎。我們將詳述Wright的F-統計量($F_{IS}, F_{ST}, F_{IT}$)的推導過程及其在不同尺度下的生物學意義,重點在於$F_{ST}$作為群體間遺傳分化的標準度量。此外,本章還將介紹現代群體遺傳學中用於無模型推斷群體結構的統計方法,例如基於最大似然估計的STRUCTURE或ADMIXTURE等方法的底層算法邏輯,而非軟件操作指南。 第二部分:現代群體遺傳學的關鍵方法論 本部分將轉嚮分析工具和數據類型,介紹在當代遺傳學研究中不可或缺的技術手段和計算統計學基礎。 第四章:分子標記與數據采集 群體遺傳學的數據基礎源於分子生物學技術。本章將概述不同類型分子標記的特點和適用性,包括早期基於蛋白質電泳、微衛星(STRs)的數據,以及現代基於單核苷酸多態性(SNPs)和全基因組測序(WGS)數據的獲取流程。重點在於理解不同標記類型對群體遺傳學參數估計的信息量差異,以及測序深度、覆蓋度等技術參數對後續分析準確性的影響。本章將理論性地討論PCR偏倚、測序誤差等數據質量問題對結果的潛在乾擾。 第五章:中性理論與分子進化速率 中性進化理論是連接分子數據與群體遺傳學模型的橋梁。本章將詳細闡述Motoo Kimura的中性進化理論,包括其核心假設:大多數分子變異是中性的,其演化主要由漂變驅動。我們將推導分子鍾(Molecular Clock)的概念,討論如何利用替換率($d_N/d_S$)來識彆和量化選擇作用下的基因(如正選擇),並探討如何校準分子鍾以進行時間推斷。本章強調的是理論框架,而非特定物種的演化曆史分析。 第六章:非中性分析與選擇信號檢測 識彆選擇的痕跡是群體遺傳學的核心目標之一。本章聚焦於檢測自然選擇的統計檢驗方法,這些方法可應用於任何基因組數據。我們將深入探討基於等位基因頻率光譜(Site Frequency Spectrum, SFS)的檢驗,如Tajima's D、Fay and Wu's H等統計量的數學構建和意義。此外,本章還將介紹基於基因組掃描(Genome Scans)的方法,如比較群體間的等位基因頻率差異(Fixation Index, $F_{ST}$ Outlier Analysis)和連鎖不平衡(Linkage Disequilibrium, LD)衰減的分析,以定位受選擇的基因區域,但具體物種的定位實例將不予展開。 第三部分:進階主題與前沿展望 本部分旨在拓展讀者的視野,介紹群體遺傳學在與生態學、基因組學交叉領域中的應用潛力,以及當前麵臨的挑戰。 第七章:有效群體大小 ($N_e$) 的估計與影響 有效群體大小是連接群體遺傳學和保護生物學的核心參數。本章係統梳理估計$N_e$的多種方法的理論基礎,包括基於近交係數的方法、基於LD衰減的方法,以及基於時間序列SFS的方法。重點闡述為什麼實際的群體大小($N$)往往與$N_e$存在巨大差異,以及$N_e$如何影響遺傳漂變、近交和突變負荷的平衡。本章著重於方法學的理論驗證,而非不同環境下$N_e$的實測數據。 第八章:基因組學與譜係推斷(Coalescent Theory) 譜係理論是現代群體遺傳學分析的基石。本章將詳細介紹Hudson-Hudson譜係模型和更復雜的多位點譜係模型。我們將探討如何利用譜係樹的拓撲結構來推斷群體大小的曆史變化(Population Size History),以及如何利用多重片段的譜係信息來重建復雜的群體分化曆史(如分化時間、基因流)。本章將深入解析貝葉斯推斷方法在譜係分析中的應用原理,如利用MCMC算法進行參數估計。 第九章:跨尺度的遺傳學:從種群到物種 本章討論群體遺傳學如何應用於更宏觀的進化問題。重點是物種形成(Speciation)的遺傳學基礎,包括隔離機製、生殖隔離的形成的群體遺傳學模型。此外,還將介紹景觀遺傳學(Landscape Genetics)的理論框架,即如何將地理環境因素納入群體遺傳學模型中,分析地理距離對基因流的阻礙作用,以及如何量化適應性景觀對遺傳變異分布的影響。 結語:當代群體遺傳學的挑戰與未來方嚮 本結語將概括當前群體遺傳學領域麵臨的主要挑戰,例如處理復雜聯代(epistasis)和基因組異質性(genomic heterogeneity)對傳統綫性模型的挑戰,以及如何更好地整閤錶型數據進行數量性狀位點(QTL)定位和基因組預測。本章旨在激發讀者對新興研究方嚮的思考,如環境驅動的選擇、錶觀遺傳的遺傳、以及大規模生物信息學數據的計算效率優化等。 --- 本書的結構設計,嚴格遵循從基礎理論到核心方法論,再到前沿應用的邏輯遞進,確保讀者能係統掌握理解任何特定動物群體遺傳學問題的必備工具箱和思維模式,而不局限於任何單一的案例研究。