内容简介
《现代农业高新技术成果丛书:动物重要经济性状基因的分离与应用》总结了动物重要经济性状重要基因挖掘和利用方面国内外在理论、方法及应用上的研究进展,系统介绍了本研究团队取得的研究发现和重要成果。内容既涉及经典的复杂性状连锁分析、精细定位、候选基因分析、基因表达分析、标记辅助选择和生物信息学的理论与方法,又涵盖了近年来的研究热点:包括全基因组关联分析、基因组选择、基因聚合的理论与方法。同时《现代农业高新技术成果丛书:动物重要经济性状基因的分离与应用》阐述了上述理论方法在我国畜禽(包括奶牛、猪、鸡)分子育种和基因检测中的应用及主要结果。
《现代农业高新技术成果丛书:动物重要经济性状基因的分离与应用》可供高等院校、科研机构等从事动物遗传育种的科研人员和研究生参考。
作者简介
张勤,男,1956-,中国农业大学动物科技学院教授,博士生导师,农业部动物遗传育种与繁殖综合性重点实验室主任,国家杰出青年基金获得者。国家生猪产业技术体系岗位科学家。中国畜牧兽医学会动物遗传育种学分会理事长,中国畜牧兽医学会信息技术分会理事长。《Journalof Animal Breeding and Genetics》、《遗传》、《中国畜牧杂志》编委。主要研究方向为分子数量遗传学和猪、奶牛分子育种。
内页插图
目录
第1章 绪论
参考文献
第2章 QTL连锁分析理论和方法
2.1 QTL连锁分析概述
2.2 Bayes统计推断的基本原理
2.3 基于RJ-MCMC进行畜禽远交群体QTL连锁分析
2.3.1 遗传模型
2.3.2 标记基因型和性状表型的数据模拟
2.3.3 QTL的IBD矩阵推断方法
2.3.4 基于RJ - MCMC的QTL连锁分析
2.3.5 连续性状QTL连锁分析
2.3.6 二级阂性状QTL连锁分析
2.3.7 主要结论
2.4 基于贝叶斯压缩(Bayes shrinkage)技术的QTL连锁分析
2.4.1 基于Bayes压缩技术的连锁分析模型
2.4.2 全条件后验分布推导和MCMC抽样
2.4.3 基于MCMC参数估计值的统计检验
2.4.4 贝叶斯压缩方法的模拟验证
参考文献
第3章 QTL精细定位理论与方法
3.1 基于IBD方法的基因精细定位
3.1.1 IBD定位方法基本原理
3.1.2 IBD精细定位的分析方法
3.1.3 IBD精细定位的模拟研究
3.2 结合连锁分析(LA)和连锁不平衡分析(LA/LD)的QTL精细定位策略
3.2.1LD/LA定位的理论基础和方法
3.2.2 基于模拟试验进行LA和LA/LD分析的比较研究
3.2.3 主要结论
参考文献
第4章 基于传递不平衡检验的关联分析方法
4.1 利用系谱传递不平衡检验进行阈性状QTL定位
4.1.1PTDT方法
4.1.2 PTDT的检验功效和工型错误
4.1.3 影响PTDT检验效力的因素
4.2 利用系谱传递不平衡检验进行数量性状QTL定位
4.2.1 数量性状转化为分类性状方法
4.2.2 选择性基因型测定
4.2.3 数据模拟
4.2.4 数量性状转化方法比较
4.2.5 PTDT与QTDT和PDT效力比较
4.2.6 PTDT选择性基因型测定基因定位效力
参考文献
第5章 单倍型推断
5.1 基本概念
5.1.1 单倍型(haplotype)、双倍型(diplotype)
5.1.2 单倍型推断
5.1.3 大片段染色体单倍型推断
5.2 利用单亲资料推断单倍型-SPFHAP法
5.2.1 方法概述
5.2.2 单倍型推断效放率
5.3 利用全同胞信息推断单倍型-FSHAP法
5.3.1 方法概述
5.3.2 单倍型推断效率
5.4 复杂家系单倍型推断
5.4.1 零重组单倍型推断方法(ZRHI)
5.4.2 有重组单倍型推断方法-MRHI
5.4.3 讨论
参考文献
第6章 生物信息学在重要经济性状的基因分离中应用
6.1 牛全基因组转录因子数据库构建
6.1.1 牛全基因组预测转录因子识别原理
6.1.2 数据与方法
……
第7章 动物分子标记辅助育种技术
第8章 基因组选择技术
第9章 猪免疫性状基因定位
第10章 仔猪腹泻抗性基因分离与鉴定
第11章 奶牛产奶性状全基因组关联分析
第12章 鸡生长和产蛋性状候选基因分析
第13章 动物杂种优势分子遗传机理研究
参考文献
精彩书摘
第1章 绪论
动物育种主要有两个方面的工作,一是通过人工的定向选择,使现有的动物品种在主要生产性能上的遗传水平得到不断的提高,从而实现群体的遗传改良。二是通过杂交等手段将不同群体的优良基因整合,生产符合市场需求的产品或培育新的动物品种或品系。
选择的理论和方法历来是动物遗传育种工作者的研究重点。根据数量遗传学的理论,通过选择所获得的群体遗传进展的速率与选择强度、群体的遗传变异性和选择的准确性成正相关,与世代间隔成反相关,因而对选择理论和方法的研究也主要围绕着这4个方面进行,而其中的核心又是选择的准确性。选择的基础是个体遗传评估,因此遗传评估方法成为研究的重点。根据数量遗传学的微效多基因理论,数量性状的表现是由很多基因以及环境的共同作用所决定的,由于基因的数目很多,而每个基因的作用一般都较小,再加上环境因素的干扰,我们不能对每个基因单独地进行分析,而只能将所有的基因作为一个整体来考虑,实际上就是将基因的作用当做一个“黑匣子”。因此,遗传评估就是对所有基因的整体效应进行估计。遗传评估方法在过去的50余年中得到了很大的发展,尤其是自20世纪70年代后期以来,由Hen-derson(1974)提出的最佳线性无偏估计(best linear unbiased prediction,BLUP)理论和方法在全世界范围内得到了广泛的应用,成为动物个体遗传评估的通用和标准方法。传统的遗传评估(包括BLUP方法)是根据个体的性状表型信息和系谱信息来估计个体育种值,BLUP(尤其是动物模型BLUP)方法为我们提供了利用这种信息的最佳手段,使得动物个体育种值估计的准确性得到了很大提高,因而对于多数动物重要经济性状来说,基于BLUP的选择取得了显著的遗传改良效果。例如,美国荷斯坦奶牛平均305天的产奶量在过去的近50年中由约6000kg增加到约12000kg,提高了近l倍,而其中由于群体遗传改良所带来的遗传进展约为4000kg(图1-1)。再如,加拿大长白猪、大白猪和杜洛克3个主要品种猪达100kg体重日龄在过去的近30年中的累计遗传进展达到了近30天(图l-2)。
尽管传统的选择方法在动物育种实践中取得了巨大成就,但它并不完美,在有的情况下这种选择不能取得理想的效果。例如对于低遗传力的性状(如繁殖性状)和阈性状(如抗病性),由于在表型信息中所包含的遗传信息很有限,除非有大量的各类亲属的信息,很难对个体做出准确的遗传评定。再如对于限性性状(如产奶、繁殖性状),对不能表达性状的个体一般只能根据其同胞和后裔的成绩对其进行评定,如果仅利用同胞信息,则由于同胞数有限,评定的准确性一般较低,如果利用后裔信息,而且后裔数很多(如在奶牛中的情形),评定的准确性可以达到很高,但世代间隔拖长,每年的遗传进展相对降低,且育种成本很高。还有对于胴体性状,因为必须屠宰后才能测定,一般也只能进行同胞或后裔测定,而且由于性状测定的难度和费用都很高,测定的规模受到限制,使得评定的准确性和世代间隔都受到影响。
……
前言/序言
现代农业高新技术成果丛书:动物重要经济性状基因的分离与应用 (注:以下简介内容不包含原书《动物重要经济性状基因的分离与应用》的具体技术细节,而是从该丛书的宏观背景、研究领域、行业影响、以及未来展望等角度进行阐述。) --- 丛书背景与定位:面向二十一世纪的农业科技前沿 《现代农业高新技术成果丛书》系列,旨在全面梳理和系统介绍当代农业领域最具颠覆性和应用潜力的尖端科技进展。在全球人口持续增长、资源环境压力日益加剧的背景下,传统农业模式已难以为继。本丛书的核心目标是为科研工作者、政策制定者、农业企业管理者以及高层次农学人才,提供一个理解和掌握未来农业发展方向的知识高地。 本丛书汇集了基因组学、生物信息学、精准育种、智能装备、环境生态调控等多个交叉学科的前沿成果。它不仅仅是一套技术手册,更是一份推动农业生产力实现革命性飞跃的战略蓝图。通过对最新科研突破的深入剖析,丛书致力于构建一个连接基础研究与产业化应用的桥梁,确保我国农业科技创新能力始终保持在国际领先地位。 动物育种的科技驱动力:突破传统瓶颈 在整个“现代农业高新技术成果丛书”的框架下,关于动物科学的部分占据了至关重要的地位。动物遗传改良是保障畜牧业高效、优质、可持续发展的基础。然而,传统的家畜育种,尽管经过数百年的实践积累,其效率提升速度已趋于平台期,尤其在面对气候变化、新发疫病挑战以及消费者对产品品质(如风味、营养成分)日益提高的要求时,这种缓慢的进步显得力不从心。 本丛书的动物科学板块,重点关注如何利用生物技术手段,特别是分子标记辅助选择(MAS)、基因组选择(GS)等现代育种工具,来实现对传统育种流程的颠覆性加速。它探讨了如何从宏观的表型性状观察,转向微观的基因组结构和功能解析,从而实现育种决策的精准化和前瞻性。 焦点领域:系统性状的遗传解析与应用潜力 动物的经济性状是一个高度复杂、受多基因调控的性状集合,涵盖了生产性能(如生长速度、产肉率、产奶量、饲料转化效率)、繁殖性能(如发情周期、受胎率)、抗逆性(如耐热、抗病原体能力)以及产品品质(如脂肪酸组成、肌肉纤维特性)等多个维度。 丛书的这一系列成果着重阐释了: 1. 复杂性状的遗传架构探索: 如何利用全基因组关联分析(GWAS)和精细定位技术,在海量遗传数据中筛选出对特定经济性状具有决定性影响的遗传区域或候选基因群。这涉及对动物遗传资源的深度挖掘,理解不同物种(如牛、猪、禽类)在进化过程中对环境压力的适应性基因差异。 2. 精准育种工具箱的构建: 详细介绍了如何将已识别的遗传信息转化为可操作的育种工具,例如开发高密度SNP芯片、设计特异性的分子探针,并将其整合到大规模的群体选择流程中。其核心在于,如何将实验室的发现,迅速高效地转化为农场层面的实际生产力提升。 3. 抗逆性状的战略意义: 随着全球不确定性增加,动物对环境应激(热应激、营养缺乏)的抵抗力成为衡量畜牧业韧性的关键指标。本成果集深入探讨了免疫通路相关基因、热休克蛋白(HSP)家族基因在调节动物抗逆性中的作用,并指明了利用这些基因进行定向改良的方向。 行业影响与未来展望:迈向智能化的畜牧业 本丛书并非停留在基础理论层面,它对整个畜牧产业链的升级具有显著的指导意义。通过对高价值基因的成功分离与应用,育种企业能够显著缩短世代间隔,以更快的速度培育出符合市场需求的优良品种。例如,在生猪产业中,针对瘦肉率和胴体品质的基因定向选择,将直接带来可观的经济效益;在奶牛产业中,针对产奶效率和乳脂蛋白含量的改良,则直接影响乳制品的附加值。 展望未来,本丛书所代表的研究方向,正加速与大数据、人工智能(AI)技术融合。未来的动物育种将是“基因组学+信息学”的深度交叉。研究成果将驱动下一代育种决策系统(如AI辅助的基因组预测模型)的开发,使得个体选择的准确性达到前所未有的高度。这不仅关乎产量的提升,更关乎资源利用效率和动物福利的整体改善,为构建一个更具可持续性的全球食物供应体系提供了强大的科技支撑。该丛书中的成果,正是这一宏伟蓝图得以实现的坚实技术基石。